Rendre accessible la bio-informatique haute performance
Équipe dirigée par Antoine Culot (courriel) - Rime Bioinformatics
Composition de l'équipe : 2 personnes, dont 2 permanents
Sujet principal : Rime Bioinformatics développe des services permettant d’accélérer la recherche médicale, agronomique et vétérinaire pour mettre au point des alternatives aux antibiotiques.
Avant d’utiliser un bactériophage comme traitement antibactérien, il est indispensable de l’étudier en détail, in vitro, in vivo, et in silico. Cette étude permet de s’assurer que les phages sont utilisables sans danger pour l’environnement ou les patients. Les études des génomes de phages publiées actuellement laissent pourtant une importante part d’inconnu. Pour permettre une utilisation de la phagothérapie en sécurité et accélérer le développement de ces alternatives aux antibiotiques, nous avons développé une gamme de pipeline permettant d’étudier avec précision les génomes des phages et de bactéries.
Nous proposons un service de séquençage de génomes bactériens et viraux ainsi que d’analyse des données qui en découle. Nous développons nos propres outils pour proposer la meilleure caractérisation possible de ces génomes pour la recherche fondamentale et appliquée. Notre objectif est de rendre la bio-informatique haute performance accessible.
Mots-clés : phagothérapie, séquençage, bio-informatique, annotation