{ "results": [ { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/giph/", "title": "Groupe Interdisciplinaire dédié à la Phagothérapie et au biocontrôle (GiPh)", "content": "actualité du giph 2ème journee groupe interdisciplinaire dedie la phagotherapie et au biocontrole organisée le mercredi 17 juin 2026 de 13h30 19h00 faculté santé sorbonne université amphi (rdc), 91 boulevard l’hôpital 75013 paris. participation pourra être en présentielle distancielle. pour vous inscrire, remplir formulaire ici avec programme suivant phagothérapie réalités cliniques france (13h45-15h) patient traitement parcours soin pratique (15h-16h) actualités réglementaires europe (16h30-17h10) recherche l’usage clinique produire des phages aujourd’hui (17h10-18h10) table ronde questions/réponses (18h10-18h55) deuxième journée dédié biocontrôle (giph) se tiendra sera consacrée aux cliniques, enjeux production france. elle débutera par retours d’expériences vues travers séries cas concernant infections cardiovasculaires, pulmonaires, orl, ostéo-articulaires première partie suivie une présentation soins, l’indication jusqu’au (réunions concertations pluridisciplinaires, accès compassionnel, organisation filières soin, détermination sensibilité bactéries —phagogramme—…) d'aborder les points vue institutions interventions différents représentants incluant l’ema (european medicines agency), ansm (agence nationale sécurité médicament produits santé), dgs (direction générale dgos l’offre soins), ais l’innovation santé). évolutions seront ensuite abordées, présenter l'état lieux collections disponibles terminera session questions-réponses permettant cliniciens, pharmaciens, biologistes autres participants poser leurs questions directement sur place ou distanciel. publication d'un éditorial "commercialisation d’un nouvel additif alimentaire base bactériophages dans contexte seule qu’en disent autorités ?" publié dernier numéro virologie (volume 29, n°5) (pour accéder pdf, suffit connecter sans condition tarifaire !) ateliers organisés 23 mai 2025 "phages quelles étapes vers l'application l'occasion 12ième colloque société française phytopathologie (sfp). 18 déc. 2024 "phagothérapie" (hôpital pitié-salepetrière, lendemain congrès ricai). été télécharger créé 2023 l’initiative réseau bactériophage (phages.fr) quatre sociétés savantes, savoir microbiologie (sfm), pathologies infectieuses langue (spilf), (sfv) est fruit d’une initiative collective collaborative. constitué deux membres représentant chacune sfm, spilf, sfv sfp. animé esprit d’ouverture savantes structures associatives travaillant souhaitant participer sont invitées proposer jusqu’à représentantes représentants. objectifs coordonner réponses éclairées sollicitations provenant tutelles sanitaires, réglementaires, scientifiques humaine vétérinaire mais également domaines phytosanitaire biocontrôle, médias grand public ses d‘utilisation (humain, animal, végétal, agro-alimentaire, environnement), événements lien destination différentes communautés scientifiques, médicales industrielles intéressées ces sujets, aussi direction mieux appréhender enjeux. ainsi, s’est doté adresse contact unique (contact@phagotherapie.fr) afin centraliser traiter diligence qui lui soumises. toute demande accusé réception précisant un délai réponse. émises argumentées après analyse concertée interdisciplinaire. échéant, l’absence consensus réserves éventuelles formulées, explicitées dûment justifiées. [[/questions publiées site (et miroir sites savantes). atteindre objectifs, interagit acteurs qu’ils soient publics, privés associatives. partenariats peuvent développer uniquement respect l’intégrité professionnelle scientifique, transparence liens d’intérêt lutte contre pratiques d’influence. cet effet souhaité définir présente charte bonnes relations strict valeurs éthiques missions chaque personne garantir qualité crédibilité scientifique actions menées. s’engagent respecter principes collaboration décrits charte. gouvernance fonctionne manière collégiale prises décision validées consensus. fonctionnement l’ensemble personnes participant contactées l’adresse contact@phagotherapie.fr réunit visioconférence moins cinq fois année calendaire (à peu près tous mois). amont réunion ordre jour établi aval compte-rendu rédigé. comptes-rendus site. d’intérêts publier déclaration publique mettre annuellement. elles renoncer discussions décisions sujets lesquels ont d’intérêt. déclarations publiques membre novembre volume n°5 juillet "naissance transdisciplinaire français !" 27, n°4 (pdf) " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/colloques/", "title": "Colloques annuels du réseau", "content": "colloque 2026 (toulouse) le annuel de "phages.fr in… " aura lieu toulouse du mercredi 18 novembre (14h00) au vendredi 20 (12h30) toulouse. merci bloquer vos dates 2025 (nancy) nancy mardi 12 jeudi 14 sur campus brabois santé l’université lorraine (amphithéâtre lepois (300a) situé dans bâtiment 7) voir site phagesnancy2025.sciencesconf.org. programme est disponible ici ainsi que les résumés des présentations en version "haute définition" (12mo) pour nos cinq sessions habituelles, nous avons invité session écologie et évolution échelle populationnelle maite muniesa (university of barcelona) interaction phage-hôte cellulaire jenifer mahory college cork) structure assemblage moléculaire giuseppina mariano glasgow) application thérapie biotechnologie rob lavigne leuven) sciences humaines dmitriy myelnikov cambridge) comité scientifique xavier bellanger, maître conférence hdr, lcpme umr7564 cnrs-université alexandre bleibtreu, universités-praticien hospitalier, sorbonne université, aphp hôpital pitié salpêtrière marion dalmasso, ur4651 abte, université caen normandie carole eldin, aix marseille aphm, nord marianne nicolas, post-doctorante, actalia, saint lô umt virocontrol benoit pons, conférence, centre biologie intégrative, charlotte whittington, doctorante, umr mivegec montpellier-ird-inrae emile durkheim umr5116 cnrs-sciences po bordeaux-université bordeaux sébastien wielgoss, chercheur principal, institut integrative, eth zurich d’organisation isabelle bertrand, emilie cenraud, lcpme, julie challant, ingénieure d’etude, raphaël duval, professeur, faculté pharmacie, christophe gantzer, florian giudici, doctorant, emmanuel moutou, actalia christian rabaud, professeur médecine, chru ihu infiny 2024 (sète) eu sète (au domaine lazaret (12h30). (voir d'inscription) organisé avec quatre invité-e-s internationaux carolin wendling (u. munich, allemagne) ville friman helsinki, finlande) gemma atkinson lund, suède) antonia sagona warwick, uk) alexis zimmer liège, belgique) (15mo) "basse (2mo). notez ne fournirons pas copies papier livre résumés. l'imprimer vous-même si vous souhaitez une papier. grand public bactériophages aussi été organisée nov. 19h montpellier "gazette café" présence b. gaborieau, c. eckert & f. clavijo-coppens. la page dédiée. brives (cnrs, ced, bordeaux) catherine (aphp, sorbonne-université, paris) rémy froissart mivegec, montpellier) sylvain gandon cefe, pierre genevaux lmgm-cbi, toulouse) quentin lamy-besnier (inrae, micalis, jouy-en-josas) clara torres-barceló avignon) d'organisation elsa beurrier (um, mivegec) fernando clavijo-coppens chloé feltin (inrae pathologie végétale, lionel gagnevin (cirad, phim) cefe) amandine maurin whittington carlos zarate chaves (ird, phim-mivegec) 2023 (lyon) (programme pdf) lundi 27 14h00 29 12h30 lyon joseph d'inscription). thématiques abordées ont donné vue d’ensemble recherches cours favorisé interactions scientifiques entre équipes travaillant domaines variés complémentaires chacun ces thèmes, plaisir d’accueillir conférenciers invités stefanie barbriz msb medical school berlin, germany matthew dunne zurich, switzerland jakob rotoel imperial college, london, uk ran nir-paz the hebrew university jerusalem, israel frédéric laurent, agents infectieux, ciri inserm u1111-umr 5308, hcl fabrice pirot, laboratoire lbti 5305, ispb lyon, camille kolenda, goutelle, lbbe biométrie evolutive 5558, floriane laumay, pharmaceutiques biologiques, mathieu medina, phages thérapeutiques, hospices civils iai, hcl, luisa sordi, paris ombeline rossier, saclay, ap-hp, aude bernheim, pasteur, lcbpe 7564 lorraine, villers-lès-nancy adeline goulet, lism cnrs, aix-marseille marseille, france 2022 (paris) septième réseau phages.fr nommé "phages in paris" 11 13 octobre l'institut pasteur l'amphithéâtre historique où félix d'hérelle lui-même avait présenté ses travaux plus 100 ans. d'inscription phage-host ecology and evolution applications therapy biotechnology conférences plénières présentées alexander harms "no need to catch ‘em all: exploring new worlds with handpicked natural isolates" david bikard their satellites encode hotspots antiviral systems" anna dragoš "control spore-forming bacteria by phage regulatory switches" claas kirchhelle "beyond boom bust: re-evaluating history west-european therapy" anne chevallereau, devon conti, ana cova rodrigues, laurent debarbieux, marc monot, jorge moura sousa marie touchon compte-rendu l'assemblée générale trouverez l'ag (ici) photo participant-e-s devant 2021 (roscoff) “phages roscoff" station marine roscoff (sorbonne cnrs). après montpellier-2015, marseille-2016, gif-sur-yvette-2017, bordeaux-2018, grenoble-2019, s’agit sixième phages, par phages.fr. l’objectif rassembler communauté française impliquée recherche bactériophages, tout étant ravis internationales. favoriseront cellulaires moléculaires biocontrôle toutes se feront manière orale ou affichée (poster). l'ensemble sera anglais. plus, spécialistes donneront plénière joshua weitz (georgia tech, atlanta, usa) bernheim (infection antimicrobials modelling evolution, inserm, goulet (architecture fonction macromolécules marseille) yves briers (université gand, belgique). 2020 annulé cause covid 2019 (grenoble) notre congrès (à partir 8h30) (fin 16h00) grenoble l’institut structurale (tram b, arrêt "presqu'ile"). rentrer campus, munir votre carte d'identité. groupe "computational biology" réunira 10 informations ci-dessous). pouvez télécharger livret 2019. voir inscriptions. monpellier-2015, gif-sur-yvette 2017 c'est cinquième réseau. son objectif françaises impliquées ouvert aux non francophones. langue d'échange l'anglais. personnes invitées evelien adriaenssens, quadram institute, norwich, uk, barbirz, universität potsdam, de, călin guet, institute science technology, at, claire geslin, microbiologie env. extrêmes, brest, fr qui seront d'ensemble 2018 (bordeaux) 24 septembre 9h00) 25 ici). dérouleront locaux haut-carré talence (10 minutes l'arrêt forum-ligne tram). ci-dessous détaillées s'y rendre (et hôtels proximité). 2017, quatrième plusieurs français étrangers plénière. mécanismes l'infection phagique biotechnologiques industrielles (gif-sur-yvette) “phages-sur-yvette" 21 intégrative cellule (i2bc), cnrs gif-sur-yvette. montpellier-2015 c’est troisième thématique pluridisciplinaire ecologie biotechniologie abram aertsen, louvain moineau, laval, québec josé penadés, glasgow 2016 (marseille) membres 2015 (montpellier) " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/webinars/", "title": "Webinars du réseau "Phages.fr"", "content": "the phages.fr network has launched in 2024 webinars series rendez-vous to talk about these amazing viruses we propose virtual stage (look at replays here) give opportunity member of (priory given early career researchers) unveil their groundbreaking results! this isn't just presentations; it's creating 'friendly zone' where you can share and receive constructive feedback. provide exchange within network, have better visibility projects underway labs allow participating members identify potential collaborators future partners they contact if necessary. mark your calendars for last wednesday each month (may be flexible) 1:30 p.m. join us on zoom 45-minutes session, with 20-30 min followed by 15-20 minutes discussion english. don't miss beat! speaker application step into limelight, discoveries ideas. submit short title/abstract talk. do so, send an email anne chevallereau, yuvaraj bhoobalan, quentin lamy-besnier, camille kolenda, emilie cenraud list speakers 2026 (see below details) watch live presentation look here january 28th: nandita sharma (post-doc, debarbieux lab, institut pasteur, paris, france) february 10th webinar france-canada march 25th: youn le cras (phd student, rocha april 29th: tristan ferry (pu-ph, hospices civils de lyon, ucbl, may 27th: clarisse plantady chevallereau mmsb, june 24th: judith sar lcb, ansaldi marseille, september 30th: kevin barthes rousset ciri, october: november: annual conference toulouse december 16th: tba theme: wine, cheese, lactic acid bacteria: when phages show up table view presentations https://umontpellier-fr.zoom.us/j/2087814160?omn=98286518225 program part interactions between bacteria natural habitats subject complex spatio-temporal stress patterns: example wine fermentation (presented claire henaff-le marrec, université bordeaux) guardians yogurt cheese: meet defense arsenal streptococcus thermophilus sylvain moineau, laval, québec) sweet receptors marie-pierre chapot-chartier, inrae, jouy-en-josas) understanding competition dynamics citrobacter rodentium escherichia coli gut microbiota sharma, post-doctorante bacteriophage, bacterium, host lab france. abstract gastrointestinal is dynamic ecosystem which bacteriophages play role killing from “inside”, via prophage induction, “outside”, virulent bacteriophages. while induction been extensively studied laboratory through lens prophages encoding toxins, much less known conditions consequences intestinal microbiota. study was initiated investigate during inflammation using gnotobiotic omm12 mice infected rodentium. surprisingly, c. infection follows original “peak persistence” colonization pattern. since immune response insufficient pathogen clearance, introduced independently two murine commensal strains (dn15 mt1b1) as well strain mg1655, all ahead infection. remarkably, dn15, but not mt1b1 nor substantially suppressed colonization. comparative genomics vitro assays identified colicin y, plasmid-encoded antimicrobial peptide produced key effector molecule responsible inhibiting growth. moreover, dn15 loads remain constant, mg1655 decreased progressively, likely because its susceptibility (φnp φsm). leveraged system performing co-culture experiments either wild-type or prophage-free mutants c. rodentium demonstrated that only φnp lysogenizes mg1655. plans include recording over time vivo detection lysogens. provides insights temperate ecological modifiers microbial communities gut. 2025 29th, p.m.: pierre-alexandre pastouriaux 26th josie elliott julian lopez micalis, jouy-en-josas, 30th eve dauphin cea-leti grenoble, 28th marianne nicolas lcpme nancy, 25th elsa beurrier mivegec, montpellier, 23rd 3:00 france/canada (e. rocha, i. pasteur f. roux, u. montreal j. nassimov, waterloo) october 29th benoît lerouge 2025: activity pseudomonas aeruginosa biofilms ubiquitous gram-negative bacterium various types infections like bloodstream, urinary tract, eyes, wounds chronic airways (especially cystic fibrosis patients) infections. eskape group pathogens, p. are difficult treat due antibiotic resistance evasion mechanisms such biofilm formation. encased extracellular matrix (ecm). biofilms, ecm mainly composed three exopolysaccharides (eps): alginate, psl pel different proportion depending strain, also, dna proteins. forms physical barrier protects against compounds antibiotics. here, explored efficacity biofilms: pbunavirus ls1 o-antigen chain lps primary receptor, bruynoghevirus luz24 whose receptor unknown onset work. firstly characterized b. polysaccharide psl, main eps pao1 biofilms. next explored, confocal laser microscopy, ability degrade 48 hours period. single phage establishment phase (6 pre-culture) delayed growth 18 hours, combination prevented completely hours. mature (16 pre-culture), end kinetics, treatment led 2-fold reduction viable bacteria, 4-fold reduction. overall, even challenging eradicate, present complementary activities, so combining them promising strategy therapy. 23rd, joint france canada ecology molecular evolution phage-bacteria relationships link visio 3pm-3:30pm "the diversity interactions" eduardo (pasteur institute, paris) 3:30pm-4pm "from isolation validation: exploring phage–bacteria spatiotemporal sampling functional genetics" frédérique roux (university montréal) 4pm-4 :30pm "unravelling “dark matter” cyanophages: protein structure function" jozef nassimov waterloo, ontario) 4:30pm-5pm "silent players fermentation: affect cider quality?" marion delmasso caen normandie) 27th, experimental tequatrovirus bacteriophage expands range carbapenem-resistant st131 beurrier, doctorante mivegec global spread major public health issue, increasing prevalence community-acquired nosocomial multidrug-resistant infections, high phenotypic genotypic diversity. context, therapy might represent interesting control bacterial one side, specific thus prevent depletion bacteria. other specificity impair use multiple targeted pathogenic evolutionary adaptation environment genetically diverse, non-coevolving clinical isolates. goal test hypothesis: does evolving diverse sub-collection enable isolates full collection? first isolated tested virulence collection 134 attributed clades (a, b, c1 c2) sequence type 131. susceptible scattered along phylogenetic tree, clade appears particularly resistant. correlation distance currently being analyzed. based appelmans' protocol (burrowes 2019), confronted clonal population 14 sequential passages sub-population 46 e. selected representative whole genomic diversity, core-genome. process repeated independant populations. evolved populations significant broadening spectrum infecting 38/46 genotypes (82%) compared 29/46 (63%) ancestral bacteriophage. 2/46 remained resistant (4.4%). then assessed 89 additional used evolution. interestingly, presented larger 66/89 (i.e. 82%) 74%). 7/89 no phylogeny signal could found isolated. our results suggest wild word lacks efficacy same adapted subset genotypes. directed varied significantly improve versatility multi-resistant st131. 28th, viral depuration oysters characterization f-specific rna nicolas, au umr7564 cnrs nancy laboratoire "microbiologie environnementale" et l'umt virocontrol chez actalia saint lô. enteric viruses, including noroviruses, cause gastroenteritis associated consumption contaminated shellfish. originate fecal pollution, often linked wastewater discharges sea. purification processes commonly shellfish farming reduce contamination before commercialization. however, methods slow eliminate genomes (1). absence culture method genome possible. routine available virological indicators proposed assess efficiency oyster processes. (frnaph), naturally concentration, structurally similar easily cultivable laboratory, described (2,3). aim understand particle inactivation persistence depuration. end, presence infectious frnaph monitored compartments (hepatopancreas hemolymph) seawater. behavior trials mimicking farms seawater continuously treated uv light maintained 15°c. contaminate had raw replicated obtain sufficient concentrations experiments. performed spiking applying 24h. were detected after accumulation phase. depuration, hepatopancreas hemolymph (over days 26 2, respectively). particles predominantly hepatopancreas. difference observed (-1.5 log10) (no change) organ (p < 0.01), highlighting predominated elimination central retention. although release compartment involved inactivation. explore hypothesis, evaluated 4°c. experiment revealed prolonged stability both particles, suggesting temperature, contribute findings support hypothesis occurs oysters, rather than also highlight importance simultaneously measuring effectively further reproduce temperature farming. 1-hartard c, leclerc m, rivet r, maul a, loutreul j, banas s, boudaud n, gantzer bacteriophages, especially subgroup ii, should reconsidered good pollution oysters. dudley eg, editor. appl environ microbiol. 2017 dec;84(1):e01866-17. 2-hodgson kr, torok va, turnbull ar. bivalve mollusc management. food microbiology. aug;65:284–93. 3-hartard rapid sensitive human bacteriophages: marketed products. may;63:248–54. 30th, surface overcome adsorption storage courriel dauphin, (grenoble, sous la direction pierre marcoux, hippolyte durand. antibiotics, called antibioresistance, “could 10 billion deaths year 2050” according world organization [1]. phagotherapy alternative soon hosts, library disposal needed maximum some preliminary studies [2,3] confirmed essential container material's properties impacts concentration decreasing several decades titer time. develop vials antibiofouling coating prevents adsorption. decided focus developing films glass silicon substrates. peg-like zwitterion usually cites having antifouling aptitude [4,5]. once measured thickness ellipsometry integrity immersion, film antifoulant. conclude quartz cristal microbalance. first, buffer flow reference, washing again. pristine substrate, frequency comes back reference uncoated substrate not, way seems candidates doing qcm tests, ask following question: adsorb there substances lipopolysaccharides coatings will discussed graphs obtained qcm. respond issue detailed introducing measure endotoxins level. analysis post-qcm solution results. references: [1] wait: securing drug-resistant (29/04/20219). [2] richter, ł. al. polypropylene labware affects reproducibility research. sci rep 11, 7387 (2021). [3] o’connell, l., roupioz, y. & r. material dictates suspensions: scattering infectivity measurements reveal titre decay. journal applied microbiology (2022) doi:10.1111/jam.15581. [4] hartig, t. icvd polymer thin bio-interface-performance fibroblasts, cancer-cells, connected groups silico studies. advanced materials interfaces 2300587 (2024). [5] yang, gleason, k. ultrathin stable zwitterionic functionality chemical vapor deposition (icvd). langmuir 28, 12266–12274 (2012). 26th, julien lambda’s mutation rate solely mmr inefficiency lopez, doctorant dans groupe "mutagenesis single-cells (muse) sein du micalis study¹ estimated lambda 400-fold higher host, (7.8x10-8 per base vs. 2x10-10 ²). determined replication fidelity correction errors (mainly mismatch repair, mmr). polymerase iii assumed replicate genomes³, supposed infection⁴. suspected uncomplete adenine methylation gatc sites dna⁶ dam, important strand recognition repair mismatches system. work, re-evaluated rate, investigated mutagenesis lambda, notably effect dam methylation. sequencing approach (duplex ds⁽⁵⁾), gave slightly lower previously (1.5x10-8) poor (2-fold increase 150-fold host). addition, fluctuation assays⁷ (fa), consist determining number mutations target locus (here cii gene) large parallel cultures, backgrounds. fa close ds wt cells (1.8x10-8), muts (1.8x10-7). deletion increased intermediate level deletion, coli. overexpression did diminished default explain rate. finally, mutants. deficient ², indicative any pathway altogether indicate explained inactivity, thought,but most modify nature pol dna. assay⁸, confirm lambda. bibliography dove, w. genetics lambdoid phages. annu. rev. genet 305–340 (1968). lee, h., popodi, e., tang, h. foster, l. spontaneous whole-genome sequencing. proc. natl. acad. sci. s. a. 109, zylicz, m., ang, d., liberek, georgopoulos, initiation purified host- bacteriophage-encoded proteins: dnak, dnaj grpe heat shock embo 8, 1601–1608 (1989). caillet-fauquet, p., maenhaut-michel, g. radman, m. sos mutator correction. 3, 707–712 (1984). kennedy, detecting ultralow-frequency duplex nat. protoc. 9, 2586–2606 (2014). szyf, avraham-haetzni, reifman, pattern intracellular methylase. 81, 3278–3282 luria, delbrück, virus sensitivity resistance. 491–511 (1943). halligan, d. keightley, genetics. ecol. evol. syst. 40, 151–172 (2009). constraints restrict benefits horizontally acquired crispr-cas systems elliott, d'anne structural biochemistry, umr5086 acquiring new defence offer adaptive immunity invading genetic elements (such bacteriophage/phage) would intuitively advantage host. indeed, ‘pan-immune model’ possession particular continual state flux populations: allowing reservoir without cell carry bear fitness costs. furthermore, frequently hallmarks horizontal gene transfer. adaptive-immunity-like supported pan-immune model, bioinformatic evidence frequent gain loss systems. what understood strength conditional requirements advantages offered recently experimentally modelled scenario transferring i-f native naïve fluorescens. fully protection lysis highly dependent species environment, spacer acquisition low frequency. work shows reality successful selection transfer events nuanced. therefore limiting factor sharing rates transfer, encountering ‘sweet spots’ environmental produce robust selective hosts impact staphylococcus aureus pastouriaux, ciri website, pathogen, second leading death worldwide. modulating intra- inter-species virulence/resistance genes. phenomena appreciate epidemiological aureus, context renewed interest therapy, consists recalcitrant conventional treatments. prophages, therapeutic patient's source concerns authorities. few focused phages, prophages. objective evaluate induce strains. this, content (n=172) analyzed phaster blast. then, 42 contents (type sa1: n=10; sa2: n=16; sa3: n=16) moi 10, 10-3 10-5 (n=4) belonging genera silviavirus, kayvirus rosenblumvirus. production titration rn4220 pcr and/or qpcr targeting genes sa1int, sa2int sa3int. that, under conditions, (10-3 10-5) appear strains, spontaneously induced. trigger amplify eta/sa1int pvl/sa2int relevance aureus. investigation conditions. additionally, lysogenization planned expand dynamics. 31st, françois (post-doc israel) bulssico lcb marseille) florian tesson (doc. mdm devon conti bbh helena shomar monges (post-doc. 26th: sol vendrell-fernández gb beatriz beamud sb benjamine lapras hcl, lyon) november amandine maurin (doc montpellier) 18th morgane illouz irim dec 18th: trehalose polyphleates mycobacterium abscessus illouz, post-doc umr 9004 "institut recherche en infectiologie montpellier" patients (mab), resulting failures. emerged mab pulmonary diseases. despite promise, driving phage-host poorly understood. study, mycobacterial components bps transposon mutant library, phage-resistant mutants, carrying disruptions biosynthesis (tpp), consisting surface-associated lipids. parallel, tpp locus. failed infect tpp-deficient phenotypes restored upon complementation disrupted elucidate interaction, employed fluorophages, enabling visualization quantification process, requirement adhesion process. strikingly, variants minor tail gp22, conferred illustrating clear case co-evolution. uncover novel mycobacteriophage interaction mechanisms. identification broader highlights mab, paving development next-generation therapies nov "this training bound glory": expanded host-range maurin, phd student 5290 "maladies infectieuses vecteurs, ecologie, génétique, évolution contrôle" parasites expansion predicted evolve cost mean fitness. aimed walks (tequintavirus) spatially variable four (salmonella enterica serotype tennessee, st5018 st319 ancestor, independent serial protocol. showed virulence. appearing loci (parallel mutations) populations, exo- endo-nuclease, dutpase caudal long fibre became fixed mutations. introduction reverse-genetics substantially, compensatory rationalisation purification, formulation packaging anti-staphylococcus suspensions lapras, 5305 tissue biology engineering fripharm platform, lyon civil hospices, resurgence must historical challenges intrinsic suspensions, amongst long-term preservation suspensions. secure accelerate downstream processing (purification, formulation) impurities rationalised optimise packaging, ensuring compatible use. regard, physicochemical considered separation virions impurities. proteinaceous colloidal (particles nm µm dispersed continuous medium) factored design thermodynamic lead degradation enabled podovirus myoviruses. suspension medium developed myovirus. it preserved shelf-life least (ongoing study) fourteen agitation. presents theory-based methodology addressing pharmaco-technical related stabilisation applications. mapping factors specificity: restriction-modification beamud, "synthetic lab" (umr6047, intitut receptors, need myriad defenses. among these, (rm) foreign contains motifs. recent years, pacbio rm motifs analyzing patterns, revealing great specificities. technology limitations, ambiguous motif detect restricted sequences random (randseq). validated further, restriction delivery conjugation transduction, more effective identifying motifs, holds assist rational biotechnological 2024: ci-like repressor inhibits hankyphage lytic cycle bacteroides thetaiotaomicron vendrell-fernández, "genetics biofilms" prominent gut, nutritional host’s similarly microbiota, engage impose pressures ultimately community adaptability. especially, shown survival versatile lifestyles, yet lysogenic-lytic switch regulation remains scarcely non-model commensals. broad-range siphovirus remarkably 28% genus. transition symbiont thetaiotaomicron. phylogenies divergent, transmission. inducers, replicates replicative transposition transcription repchp capable upregulating cycle. generalized lack plaque formation secondary partly intriguing defects. contributes understudied relevant species. 29, genomics-driven discovery family ripps protect actinobacteria shomar, post-doctoral researcher "molecular microbes" (mdm), paris array products, adapt changing environments stress. biological functions roles vast majority limited. unveiled untapped metabolic 3% products characterized, millions molecules discovered. recently, resist infection, strategy, defense, unclear. synthetic biosynthetic clusters anti-phage defense. encode uncharacterized ribosomally synthesized post-translationally modified peptides (ripps) encoded near heterologous expression streptomyces albus, demonstrate representatives defensive ripps, hundreds actinobacteria. production. delve mechanism action compounds. paves mining opening avenues antiviral drugs derived 24th, combined host-targeting multi-drug conti, "bacteriophage host", replay multidrug (mdr) dominant extraintestinal (expec) capacity colonize form reservoirs, invade tissues. cnf1 toxin expressed invasion. c910 compound block cnf1-mediated invasion(1). pathogens weak moderate (2). hypothesise double edge sword enhance clearance pathogens. setup treatment, screened finally choose cocktail epithelial isolate synergistic, individual next, mice, mouse model housing transmitting 12 11 induced 3. profile isolate, epithelium, improved efficacy. opens area combine aiming clearing reservoirs wu iscience, 2022 (doi: 10.1016/j.isci.2022.104537) javaudin clin microbiol rev, 2021 10.1128/cmr.00136-21) lamy-besnier microbiome, 2023 10.1186/s40168-023-01541-x) antiphage prokaryotes tesson, arms race counter 2015, well-described "defense islands" enhanced computational capacities, facilitated validation hundred increased, still unknown. address gap, created defensefinder, tool systematically detects software, 20,000 complete describe arsenals across prokaryotic relationship mobile elements. anti-anti-phage increased. thus, tool, antidefensefinder anti-defense genomes. analyze 10,000 summary, alongside counter-defense julián phage-antibiotic synergy: single-phage/single-bacterium techniques propagation bulssico, postdoctoral scientist chimie bactérienne, threat health, pushing scientific strategies. already administered compassionate care. antibacterial, displays synergistic effect. interactions, basis synergy far deciphered. characterised achieve powerful microscopy image visualize single-cell resolution. conditioned structuration media interact: well-mixed, liquid filamentation-inducing antibiotics predation. impaired division enhances hk620, t4, t5 t7. tracking allowed quantify heterogeneity enlarged sizes, filaments lysed regular-sized cells, turn limits sos-mediated mutagenesis. semisolid media, (ciprofloxacin, ceftazidime mecillinam) t7, propagating expecting find common effects propagation. concluded antibiotic-induced changes morphology crucial occurrence synergy, altered shapes (spheroids filaments) intricate interplay phage, contributing epidemic suffering stress, spatial 31 defenses teach innate immunity? rousset, weizmann institute science fueled diversification strategies collectively define cell-autonomous immunity. manifested broad complexity repertoire realized now commonalities tree life: many eukaryotic summarize conservation pathways eukaryotes. catalyze atp nucleosidases, effectors cleave ribose-5'-triphosphate thereby depriving energy. analyses, nucleosidase domain variety organisms ranging fungi corals insects, embedded set proteins typical architecture. taken together, represents conserved life, knowledge " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/chevallereau/", "title": "Écologie et Évolution Moléculaire des Phages (CNRS UMR5086, Lyon)", "content": "anne chevallereau (courriel), institut biologie chimie des protéines, cnrs umr5086 mmsb université de lyon site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanent sujet principal our group studies how bacteria coevolve with their phages: they become resistant to phages, and reciprocally, phages can bypass this resistance. we are particularly interested in deciphering bacterial immunity is shaped by interactions competition between mobile genetic elements (phages, plasmids, etc.), environmental conditions impact these interactions. also focus on the “phage side” an important research line aims better understand coinfecting interact one another further influence eco-evolutionary dynamics of bacteria. nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) pseudomonas aeruginosa collection temperate virulent escherichia coli mots-clés systèmes défense anti-phage, génétiques mobiles, phage-phage, évolution expérimentale, coévolution, microbiologie moléculaire " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/monot/", "title": "PhagoMics (IP, Paris)", "content": "équipe dirigée par marc monot (courriel), institut pasteur, paris site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal la mission groupe est travailler sur des problématiques liées au séquençage bactériophages mots-clés phage, termini, packaging, sequencing, interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) escherichia coli lambda, t7, t5, hk97, p1 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/clavijo-coppens/", "title": "GENEPI-Phages team (CIRAD-PVBMT, Saint-Pierre, La Réunion)", "content": "fernando clavijo-coppens (courriel), adrien rieux yann pecrix cirad, saint-pierre-la réunion, unité mixte de recherche peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical site du laboratoire composition l'équipe researcher, technician, civil service volunteer sujet principal research overview: our team investigates phage ecology in agricultural systems (model: ralstonia solanacearum). we explore phage–bacteria interactions relation to pathogen adaptation and epidemiology (models: r. solanacearum, candidatus liberibacter, xylella fastidiosa). also develop phage-based biocontrol strategies manage bacterial plant diseases mots-clés ecology, biocontrol, scientific dashboard & collaborations frédéric labbe’s c. liberibacter prophages) doana, armefhlor fofifa (madagascar), farei (maurice) ongoing project epiphages-oi, epibio-oi 2, dpp santé-biodiv, dp biocontôle past projects: biophage, nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) solanacearum variate fastidiosa " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/tournebize/", "title": "Emergence et propagation des multi-résistances aux antibiotiques (CIMI, Paris)", "content": "groupe dirigé par régis tournebize (courriel), inserm, paris centre d'immunologie et des maladies infectieuses inserm 1135 sorbonne université site du laboratoire cimi composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal notre étudie la biologie bactériophages ciblant klebsiella pneumoniae afin développer approches basées sur protéines efficaces utilisables dans applications thérapeutiques. ces phages sont évalués différents modèles précliniques colonisation intestinale, d'infections urinaires pneumonies. nous sommes également impliqués les chez l'humain cas d'utilisation fins compassionnelles réalisation d'essais cliniques. utilisés nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) plusieurs virulents mots-clés bactériophage, génomique, résistance aux antibiotiques, animaux, pneumonie, infections urinaires, phagothérapie, essai clinique " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/bureau/", "title": "Bureau du réseau "Phages.fr"", "content": "le bureau du réseau "phages.fr" pour objectif d'organiser les colloques annuels ainsi que la répartition des financements récurrents de part cnrs (groupement recherche) et autres tutelles qui ont l'habitude soutenir financièrement notre (e.g. inrae). se réunit tous trimestres, n'hésitez pas contacter si vous avez demandes spécifiques (phages.fr-bureau-rtp [at] services.cnrs.fr). depuis formation (2015), est tournant au fil années composé personnes différentes spécialités localités (par ordre alphabétique) xavier bellanger [u. lorraine] (2023- cécile breyton [cnrs] (2018- charlotte brives (2015- anne chevallereau (2025- luisa sordi sorbonne] rémy froissart sylvain gandon frédéric laurent lyon] françois lecointe [inrae] (2021- claire henaff bordeaux] ombeline rossier saclay] anciens membres départ) eduardo rocha (2015-2019) marie-agnès petit pascale boulanger (2015-2021) mireille ansaldi (2015-2022) frédérique roux [ifremer] (2019-2023) clara torres-barceló (2015-2023) debarbieux [institut pasteur] " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/giph/cr/", "title": "Compte-rendus du Groupe Interdisciplinaire Phagothérapie (GiPh)", "content": "en cours " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/giph/dpi/", "title": "Déclaration publique d’intérêts des membres du Groupe Interdisciplinaire Phagothérapie (GiPh)", "content": "déclaration publique d’intérêts (dpi) des membres du giph dr alexandre bleibtreu (praticien hospitalier ap-hp) dpi représentant de la spilf laurent debarbieux (directeur recherche l'institut pasteur) phages.fr catherine eckert (mcu-praticien hospitalier, département bactériologie, hôpital saint-antoine, ap-hp, inserm u-1135 cimi) représentante sfm carole eldin maladies infectieuses et tropicales, clin, unité virus emergents (uve) aix-marseille université –ird 190 1207 efs-irba) rémy froissart (chargé cnrs, umr mivegec, montpellier) prof. david gilmer (pu, institut biologie moléculaire plantes, strasbourg) sfv frédéric (pu-ph, phd, anp, escmid fellow, agents infectieux lbmms hospices civils lyon) jean-yves madec (anses) anses, marie titecat (mcu-ph, md, infinite-u1286, inserm, u. lille, chu, faculté pharmacie) clara torres-barceló (chargée inrae, phim, sfp " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/giph/faq/", "title": "Groupe Interdisciplinaire Phagothérapie (GiPh)", "content": "depuis sa création (2023), aucune question n'a encore été envoyée l'adresse contact@phagotherapie.fr " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/greenphage/", "title": "GREENPHAGE (Montpellier)", "content": "denis costechareyre (courriel), greenphage, montpellier, france site web de greenphage composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal développement solutions antibactériennes innovantes base bactériophages pour l’environnement ; l’agriculture et la santé humaine. mots-clés phagothérapie environnement agriculture biocontrôle bioremédiation interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) xanthomonas hortorum pv vitians erwinia amylovora pseudomonas syringae staphylococcus aureus escherichia coli " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/apprentiphages/", "title": "Enseigner avec les bactériophages : "ApprentiPhages.fr"", "content": "présentation du groupe "enseigner avec les bactériophages apprentiphages.fr" peuvent être des outils pédagogiques merveilleux pour enseignements, que soit l'université (sciences, médecine, pharmacie, etc.), en écoles d'ingénieurs, formation continue ou au lycée/collège. le réseau phages.fr constitué un thématique bactériophages" (dit "apprentiphages " faire court !) objectifs suivants :  faciliter échanges sur pratiques enseignant-e-s (de l'éducation nationale et de l'enseignement supérieur) chacun mis place (ou sans) succès,  partager matériel travaux (tp), synthèses actualisées cours magistraux (cm), exercices dirigés (td),  retours d'expériences aux collègues intéressés par montage nouveaux enseignements autour (td, tp, cm, sorties, ateliers bioinformatique, etc.). n'hésitez pas manifester votre intérêt envoyant message l’adresse suivante : contact vous inscrire la liste mail apprentiphages.fr " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer/actualite/", "title": "Actualités du réseau Bactériophages France", "content": "colloque annuel du réseau phages.fr 12-14 novembre 2024 sète le "phages.fr in… " aura lieu mardi 12 14h00 au jeudi 14 12h30 domaine lazaret. l'ouverture des inscriptions se fera en septembre. pour chaque thématique qui sera abordée lors de notre colloque, nous avons invité ecology-evolution carolin wendling (germany) interaction/microbiota ville friman (finland) applications antonia sagona (uk) structure gemma atkinson (sweden) humanities alexis zimmer (france) détails suivre sur la page dédiée ici webinars series last wednesday of each month (may be flexible) at 1:30 p.m. join us on zoom for 45-minutes session, with 20-30 min talk followed by 15-20 minutes discussion in english. see the dedicated web and replays here naissance d’un groupe interdisciplinaire français dédié phagothérapie (giph) un transdisciplinaire été créé l’initiative bactériophage france (www.phages.fr) et trois sociétés savantes, savoir société française microbiologie (sfm), pathologies infectieuses langue (spilf) virologie (sfv). est fruit d’une initiative collective collaborative. voir présentation " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/milanovic/", "title": "Pôle des Biotechnologies en Société (PBS) SupBiotech, Villejuif", "content": "équipe dirigée par fabien milanovic (courriel), supbiotech, villejuif pbs site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal nous sommes sociologues et notre intérêt porte sur l'étude des sciences techniques, plus précisément l'innovation biotechnologique mots-clés étude sociale techniques (sts), innovation, entités biotiques, biotechnologies, enquête empirique, phages interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) xanthomonas hortorum pv. vitians (xhv) xxx arboricola juglandis (xaj) " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/bertolla/", "title": "Diversité et Adaptation des Bactéries Phytopathogènes (LEM, Lyon)", "content": "équipe dirigée par franck bertolla (courriel), laboratoire d'ecologie microbienne umr-cnrs 5557 /villeurbanne site du composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal nos recherches s’articulent autour l’étiologie bactérioses végétales travers l’étude l’adaptation et évolution bactéries phytopathogènes. la compréhension leur pouvoir pathogène constitue un prérequis pour l’élaboration stratégies biocontrôle. gestion durable des organismes pathogènes en agronomie est défi sécurité alimentaire. c’est pourquoi, nous attachons désormais à envisager tester solutions biocontrôle contre ces pathogènes. visons explorer une nouvelle méthode lutte, phagothérapie lutter bactériose laitue causée bactérie xanthomonas hortorum pv. vitians. mots-clés ecologie microbienne, interaction bactérie-phage, interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) vitians myovirus " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/jacquet/", "title": "Axe BIOTIC du Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et les Écosystèmes Limniques (CARRTEL, INRAE, Thonon-les-Bains, France)", "content": "stéphan jacquet (courriel et page web), inrae, thonon-les-bains, carrtel thonon-les-bains site du laboratoire composition de l'équipe seule personne travaille sur les virus aquatiques au sein l'axe biotic sujet principal écologie des planctoniques. l’écologie virale été un d’étude pendant près 20 ans ouvrage publié aux éditions quae en 2023. l’origine premier réseau national relatif france, continue s’intéresser thématique pour écosystèmes laçures sans que cela soit plus aujourd’hui une prioritaire. interactions cyanobactériess cyanophages microagues phycodnavirus mots-clés (bacterio)phages, cyanophages, microalgues " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/kremer/", "title": "Pathogénie Mycobactérienne et Nouvelles Cibles Thérapeutiques (IRIM, Montpellier)", "content": "équipe dirigée par laurent kremer (courriel), cnrs, montpellier institut de recherche en infectiologie umr 9004 cnrs université site du laboratoire composition l'équipe 10 personnes dont permanents sujet principal nous étudions la paroi mycobactérienne (m. tuberculosis, m. abscessus, smegmatis…) focalisant tout particulièrement sur les voies biosynthèse, régulation et transport des lipides complexes chez ces mycobactéries. composants surface sont fois impliqués dans pathogénèse représentent cibles pour plusieurs antibiotiques utilisés clinique. certains composés participent également interactions entre mycobactéries cellule hôte (macrophage) avec phages. techniques génétique criblage librairies transpositionnelles essayons d'identifier mécanimes résistance aux phages décrire le rôle processus d'adhésion mycobactérie. focalisons thérapeutiques ayant été succès titre compassionnel patients atteints mucoviscidose infectés une bactérie hautement résistante antibiotiques. ailleurs, avons développé modèle zebrafish évaluer l'efficacité thérapeutique vis-à-vis l'infection abscessus. mots-clés mycobacterium, génétique, phage thérapeutique, récepteur, paroi, nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) mycobacterium smegmatis muddy bps abscessus " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/fiche_equipe/", "title": "Fiche de chaque équipe du réseau", "content": "pour tous les groupes souhaitant voir leur activité représentée sur le site web du réseau "phages.fr", merci d'envoyer deux documents ci-dessous au courriel contact la fiche télécharger (clic-droit) une image (en .jpg ou .png) synthétique et graphique (< 1mo) propos de décrit projets développés dans votre équipe. remplir fiche, convient remplacer champs compris entre signes négatifs "–xxxx–" par informations qui concernent aussi retirer négatifs. attention, est ouvrir modifier avec un éditeur texte (c'est dire, proscrire microsoft word libre-office mais utiliser textedit, notepad bloc-note logiciel léger celui-là ouvre vos fichiers .txt). renommer ficher .txt nom personne dirigeant l'équipe (probablement vous !). aider, nous avons mis en bas exemple… pouvez l'effacer lorsque enregistrerez équipe items renseignés seront publiés, donc ne pas cases si infos sont divulguables. l'image doit représenter manière sujets/outils/personnels être moins mo nommée "nom-du-leader.jpg". regarder images fournies autres équipes inspirer " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/molle/", "title": "Virulence Bactérienne et Infections Chroniques (VBIC, Montpellier)", "content": "***équipe dirigée par virginie molle (courriel), inserm, montpellier équipe "biologie des infections aux staphylocoques" (blis) inserm u1047 université de site votre laboratoire composition l'équipe 10 personnes dont permanents sujet principal notre objectif est développer une approche thérapeutique basée sur les bactériophages, afin lutter efficacement contre staphylococcus aureus impliquées dans ulcères du pied diabétique (upd), responsables nombreuses amputations. l’expertise l’équipe la bactérie pathogène s. aureus, en particulier l'étude souches cliniques retrouvées upd (collaboration prof. jp lavigne, chu nimes), permet sélectionner, identifier et caractériser nouveaux bactériophages manipuler plus pertinentes pour réalisation projet. nous maitrisons également plusieurs modèles d’études d'infection in vivo, notamment le modèle référence poisson-zèbre (zebrafish). utilisés nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) mots-clés bactériophage, infection diabétique, staphylocoques, poisson zèbre " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/liens/", "title": "Liens (autres groupes)", "content": "liens vers d'autres réseaux de recherches sur les bactériophages france groupe interdisciplinaire phagothérapie (giph) belgique bsvom belgian society for viruses of microbes phage valley allemagne nationalen forum phagen suisse phagesuisse l’association but non lucratif s’engage pour l’information et la formation des professionnels santé propos du traitement base bactériophages. espagne fagoma le réseau espagnol d’éléments transducteurs canada débuté manière informelle en 2020 afin mettre relation personnes travaillant ou intéressées par recherche phages leurs applications au canada. après deux événements extraordinairement réussis (voir conférences passées) cours desquels centaines participants ont souligné besoin (et l'appétit) d'une organisation plus formelle. été fondé tant qu'organisation 2023 dr alexander hynes greg german. afrique africa collaborative network african researchers to promote and sensitize research in africa. vision: improve human lives through groupements société française virologie (sfv) compte un 1000 virologistes des différents laboratoires d’ailleurs. elle représente toutes composantes fondamentale appliquée clinique. internationale virus micro-organismes (international microorganisms, isvm) se consacre l'avancement science l'utilité (aussi appelés voms) archées, (ou phages, bactéries), eucaryotes microbiens. directory "community board" est lieu où chercheurs passionnés peuvent partager nouvelles chercher conseils, collaborations, opportunités, etc. chaque semaine, met meilleurs messages communauté leur bulletin d'information, "capsid & tail". qlife quantitative biology winter school viral dynamics across scales " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/mailing_listes/", "title": "Mailing-listes", "content": "" }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/de_sordi/", "title": "Microbiote, Intestin et Inflammation (UMRS 938 Centre de Recherche Saint Antoine, Paris)", "content": "luisa de sordi (courriel), centre recherche saint antoine, paris umrs 938 site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal le groupe "phages, intestin et inflammation" fait partie l’équipe "microbiote, dirigé par philippe seksik harry sokol. nous intéressons aux phages intestinaux leurs interactions avec les bactéries microbiote la barrière intestinale dans un contexte inflammatoire. notre comprend l’étude modèles cellulaires in vitro, murins d’échantillons cliniques issus patients atteints maladies inflammatoires chroniques l’intestin (mici). mots-clés microbiote, ecologie, génomique, viromes, intestinale, l'intestin (mici), transplantation fécale " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/geslin/", "title": "Microbiologie des Environnements Extrêmes (LM2E, Plouzané)", "content": "geslin c. (courriel), iuem, plouzané, lm2e, umr 6197, univ. brest, cnrs, ifremer site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal nos recherches visent mieux connaitre la diversité virosphère marine profonde et comprendre son impact sur les communautés microbiennes thermophiles. mots-clés virus, bacteria, archaea, (hyper)thermophile, sources hydrothermales océaniques profondes interactions nom l'espèce archéenne/bactérienne cible du/des virus/bactériophage(s) pyrococcus abyssi pav1 thermococcus prieurii tpv1 methanocaldococcus fervens mftv1 marinitoga piezophila mpv1 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/breyton/", "title": "Institut de Biologie Structurale (UMR5075, Grenoble)", "content": "équipe dirigée par cécile breyton (cnrs, grenoble), structure et stabilité de protéines membranaires intégrales assemblages phages site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal nous intéressons aux mécanismes moléculaires la perforation paroi e. coli le phage t5, mais également jumbo phages, incluant capside queue. mots-clés biologie structurale, interaction phage-hôte, cryo-microscopie électronique interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) escherichia t5 rsl1, rsl2, xacn1, rp13 esc1 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/graillot/", "title": "Phagothérapie contre phytopathogènes (Bioline Agrosciences; LCB Marseille; IRHS Angers)", "content": "benoit graillot (courriel), bioline agrosciences, 1306 route de biot, 06560 valbonne. équipe r&d, pôle recherche et développement; m. ansaldi, cnrs, marseille laboratoire chimie bactérienne umr 7283 cnrs aix-marseille université; emersys, inrae, angers institut recherches en horticulture semences 1345 inrae université d’angers agrocampus ouest site du composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal projet été démarré par l'industriel agrosciences est collaboration avec ansaldi l'umr l'université emersys l'institut ouest. l'objectif développer un produit formulé base bactériophages capable contrôler efficacement différents phytopathogènes d'intérêt économique ce, façon prophylactique curative. mots-clés biocontrôle phagothérapie interactions nom l'espèce cible du/des bactériophage(s) ———————————–+—————————– " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/pherecydes/", "title": "Pherecydes Pharma (Romainville)", "content": "équipe dirigée par cindy fevre (courriel), pherecydes pharma, romainville site du laboratoire composition de l'équipe 10 personnes dont permanents sujet principal pharma développe des traitements antibactériens basés sur l’utilisation virus bactériophages (phages) pour lutter contre les infections bactériennes chez l’homme, notamment celles résistantes aux antibiotiques. phages sont prédateurs naturels bactéries et n’ont pas d’activité cellules eucaryotes humaines. introduit le concept phagothérapie précision traitement chaque patient est déterminé en fonction la démonstration l’activité issus d’une collection souche bactérienne responsable l’infection. donc individualisés adaptés cas. sélectionné cibles prioritaires pseudomonas aeruginosa, staphylococcus aureus escherichia coli, qui ont été retenues l’oms dans plus dangereuses. certains développés administrés cadre compassionnels. mots-clés précision, caractéisation in vitro phages, etude préclinique, clinique interactions nom l'espèce cible du/des bactériophage(s) aeruginosa xxx coli " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/depaepe/", "title": "Equipe Mutagenesis in Single-cells and Evolution (UMR1319 INRAE, Jouy-en-Josas)", "content": "marianne de paepe (courriel), inrae, jouy-en-josas unité micalis site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal notre équipe étudie la mutagénèse chez les phages d'escherichia coli, principalement en utilisant des techniques microscopie fluorescence cellule unique. nous cherchons particulier comprendre comment échappent aux mécanismes correction erreurs réplication. intéressons également conséquences l'infection par sur capacités évolutives l'hôte. mots-clés mutagénèse, mismatch repair, bactériophages, single-cell interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) escherichia coli lambda, m13, t4 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/rocha/", "title": "Génomique Évolutive des Microbes (Institut Pasteur, Paris)", "content": "équipe dirigée par eduardo rocha (mailto:erocha@pasteur.fr), cnrs unité de génomique évolutive des microbes site du laboratoire composition l'équipe 12 personnes dont permanents sujet principal nous sommes une bioinformaticiens et expérimentateurs qui travaillent sur la bactéries leurs éléments génétiques mobiles. concernant plus précisément les phages, étudions surtout phages tempérées leur relation avec bactéries. cela implique l'étude comment infection dépend traits hôtes bactériens (systèmes défense, capsule) événements recombinaison entre affectent l'évolution génomes (transfert gènes, domestication). mots-clés évolution moléculaire, tempérés, phares-plasmides, " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/dalmasso/", "title": "Matrices ALImentaires et Microbiotes (UR ABTE EA4651, Caen)", "content": "équipe dirigée par nathalie desmasures (courriel), université de caen normandie, ur abte ea4651 er matrices alimentaires et microbiotes site du laboratoire composition l'équipe 16 personnes dont permanents sujet principal nous sommes des microbiologistes nos principaux intérêts recherche portent sur le rôle phages dans les écosystèmes alimentaires. cherchons connaître la diversité phageomes leurs interactiosn avec communautés microbiennes pendant process fermentation. intéressons également aux en tant qu'agents biocontrôle pathogènes. mots-clés phageomes, viromes, aliments, pathogènes, bioprotection interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) salmonella enterica xxx bactéries lactiques (lactobacillus, lactococcus, leuconostoc, etc.) d'altération " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/le_henaff/", "title": "Microorganismes (diversité, métabolismes, sélection) (INRAE, Bordeaux)", "content": "équipe dirigée par claire le hénaff-le marrec unite de recherche œnologie, ea 4577, usc 1366 inrae site du laboratoire composition l'équipe 14 personnes dont permanents sujet principal microbiologie alimentaire décrypter la diversité des espèces d’intérêt œnologique identifier les mécanismes d’interactions microbiennes pour mieux comprendre l’évolution communautés moléculaires impliqués dans l’adaptation microorganismes l’environnement sélectionner souches et maitriser d’altération. bactériophages utilisés phages infectant bactéries lactiques, acétiques corynéformes " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/goulet/", "title": "Mécanismes moléculaires des interactions entre les bactériophages et leurs hôtes (AFMB, Marseille)", "content": "adeline goulet (courriel), cnrs, marseille architecture et fonction des macromolécules biologiques umr 7257 cnrs/aix-marseille université site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal notre objectif est comprendre, au niveau moléculaire, les mécanismes mis en oeuvre par phages pour reconnaître prendre le contrôle leurs hôtes. nous combinons approches biologie structurale, biochimie biophysique, afin caractériser la diversité machineries reconnaissance l'hôte siphophages infectant gram+, variété d'action protéines anti-crispr inactivant l'immunité bactérienne crispr-cas9, rôle inconnue produites début d'infection. mots-clés gram positive-infecting siphophages, host-binding machineries, proteins, structural biology, macromolecular interactions nom l'espèce cible du/des bactériophage(s) lactococcus lactis p2 streptococcus thermophilus dt1, 2972, stp1, d1811 oenococcus oeni vinitor162, oe33pa " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/gandon/", "title": "Ecologie et Epidémiologie Evolutive (CEFE, Montpellier)", "content": "équipe dirigée par sylvain gandon, cnrs (courriel) centre d’ecologie fonctionnelle et evolutive (cefe) umr 5175 université de montpellier site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanent sujet principal notre combine la modélisation mathématique les approches expérimentales pour comprendre prédire l’évolution des virus coévolution entre bactériophages leurs hôtes bactériens. nos principaux projets actuels: phages l’immunité crispr (collab. s. moineau, u. laval) synergie phage-antibiotique m. ansaldi, lcb marseille) anti-crispr évolution différents mécanismes résistance contre e. westra, exeter). mots-clés épidémiologie évolutive, prophage, lysogénie, crispr, coévolution, expérimentale, antibiorésistance, biocontrôle interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) streptcoccus thermophilus 2972 escherichia coli t4, lambda " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/le_roux/", "title": "Génomique des vibrios (et vibriophage)(LBI2M, Roscoff)", "content": "équipe dirigée par frédérique le roux (courriel), ifremer, roscoff laboratoire de biologie intégrée des modèles marins umr 8227 cnrs sorbonne université site du composition l'équipe 10 personnes dont permanents sujet principal un regard mécanistique interactions vibrio –phages dans la nature mots-clés évolution, écologie, génomique, métaviromique, défense, virulence, transferts horizontaux gènes nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) spp. vibriophage " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/houot/", "title": "Transports Macromoléculaires à travers l'Enveloppe Bactérienne (LISM, Marseille)", "content": "laetitia houot (courriel), aix-marseille université, marseille laboratoire d'ingénierie des systèmes macromoléculaires umr 7255 cnrs université. site du composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal notre équipe s’intéresse une famille macrocomplexes protéiques l’enveloppe bactérienne fonctionnant moteurs moléculaires, tel que le système tol-pal. ces complexes, qui ont fonctions essentielles dans l’adaptation bactéries leur environnement, servent porte d'entrée infectieuse pour classe particulière phages non lytiques: les filamenteux. chez certaines vibrio cholerae, type parasitage se traduit par l’acquisition nouveaux facteurs virulence. objectif est caractériser la succession étapes moléculaires permettant reconnaissance puis pénétration phage son hôte. cela, nous développons différentes approches microbiologie, génétique bactérienne, biochimie et microscopie. mots-clés interactions mécanisme d'infection, tol-pal, filamenteux nom l'espèce cible du/des bactériophage(s) escherichia coli fd, m13 cholerae ctx pseudomonas aeruginosa pf4 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/bize_2020/", "title": "Ecologie virale des procédés anaérobies de valorisation des déchets organiques (PROSE, Antony)", "content": "equipe dirigée par ariane bize (courriel), université paris-saclay inrae, centre ile-de-france jouy-en-josas ur procédés biotechnologiques au service de l'environnement, antony site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal nos travaux portent sur l'écologie virale des biotechnologie environnementale valorisation déchets et effluents organiques. nous concentrons actuellement les anaérobies tels que la méthanisation. recherches visent caractériser diversité virus présents dans type d'écosystèmes, comprendre leurs interactions avec hôtes microbiens, ainsi leur influence dynamique communautés microbiennes performances procédés. nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) globalité pas d'espèce modèle pour le moment mots-clés réacteurs méthanisation, écologie moléculaire, métagénomique, single-cell, isotopie, bioinformatique, biostatistiques " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/torres-barcelo_2020/", "title": "Phages of plant pathogenic bacteria (INRAE, Avignon)", "content": "clara torres-barceló (courriel), inrae, avignon plant pathology site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal by bringing evolutionary biology, community ecology and molecular microbiology together, we aspire to unveil the role of phages in evolution pathogenc bacteria advance their development as biocontrol agents agriculture. currently work with model systems (bacteria diseases be targeted. pseudomonas syringae ubiquitous pathogen, damaging large variety crops including fruit nut trees, vegetables ornamentals. erwinia amylovora responsible fire blight, increasingly affecting apple pear orchards. ralstonia solanacearum produces bacterial wilt, world-wide disease specially problematic tropical areas. interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) varied mots-clés evolution, ecology, biocontrol, genomics " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/soutourina/", "title": "ARN régulateurs chez les Clostridies (I2BC, Gif-sur-Yvette)", "content": "équipe dirigée par olga soutourina (courriel), université paris-saclay, orsay-gif-sur-yvette i2bc umr 9198 paris-saclay/cnrs/cea site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal nous étudions le rôle système crispr-cas chez un pathogène humain clostridium difficile, les interactions difficile avec phages, des systèmes toxine-antitoxine type dans la stabilité prophages, mécanismes anti-crispr au sein arns régulateurs prophages perspectives pour applications thérapeutiques et biotechnologiques. nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) phicd630-1, phicd630-2, phicd38-2, phicd027 clostridioides mots-clés crispr-cas, prophage, i, pathogenesis, metabolism, defense system, biofilm, sporulation, stress response " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/velicer_eth/", "title": "Evolutionary Biology (IBZ ETH, Zurich)", "content": "gregory velicer (courriel), eth, zurich ibz site du laboratoire composition de l'équipe 11 personnes dont permanents sujet principal dynamiques écologiques et évolutives des interactions phages-bactéries nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) myxococcus xanthus mx1, mx4, mx8 mots-clés coévolution, évolution sociale, biogéographie, écologie communautés " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/liens_2/", "title": "Liens (autres groupes)", "content": "liens vers d'autres réseaux de recherches sur les bactériophages belgique bsvom belgian society for viruses of microbes prochain colloque national le 23 septembre 2022 allemagne nationalen forum phagen suisse phagesuisse l’association but non lucratif s’engage pour l’information et la formation des professionnels santé propos du traitement base bactériophages. espagne fagoma réseau espagnol d’éléments transducteurs 26-28 octobre trujillo canada phage symposiums virtuels 2020 ont mission rassembler chercheurs canadiens travers pays promouvoir échanges d'idées dans domaine recherche ces est d'offrir une plateforme étudiants postdoctoraux afin présenter résultats leur favoriser interactions au sein notre communauté académique, industrielle gouvernementale grandissante. afrique africa collaborative network african researchers to promote and sensitize research in africa. vision: improve human lives through groupements société internationale virus micro-organismes (international microorganisms, isvm) se consacre l'avancement science l'utilité (aussi appelés voms) archées, (ou phages, bactéries), eucaryotes microbiens. international bacteriophage consortium (ibrc) objectif créer un scientifiques, d'universitaires, cliniciens collaborer contribuer thérapie par phages domaines en tirant parti l'expertise ressources consortium, nous espérons faire solution sûre acceptable. on peut voir notamment pas mal vidéo & conférences. twitter @phagesconsortium mis place l'acharya narendra dev college (andc), université delhi, inde, l'open health systems laboratory (ohsl), états-unis. directory "community board" lieu où passionnés peuvent partager nouvelles chercher conseils, collaborations, opportunités, etc. chaque semaine, met meilleurs messages bulletin d'information, "capsid tail". cours qlife quantitative biology winter school viral dynamics across scales " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/schiavolin/", "title": "Interactions Phage - Streptococcus pyogenes - hôte (BacMol, Bruxelles)", "content": "lionel schiavolin (courriel), post-doc fnrs, laboratoire de batériologie moléculaire université libre bruxelles (ulb) site du composition l'équipe personnes dont permanent sujet principal phage fait partie bactériologie moléculaire, dirigé par anne botteaux et pierre smeesters, constitué microbiologistes moléculaires médecin-chercheurs qui s'intéressent la virulence streptococcus pyogenes, au développement d'un vaccin, ainsi que d'outils détection pour l'otite moyenne aiguë. thématique je développe s'intéresse aux interactions entre s. pyogenes les phages virulents/tempérés l'infectent. d'une part, nous essayons comprendre l'impact infection un virulent sur le programme transcriptionnel synthèse protéique avec focus particulier son métabolisme ses flore commensale présente niveau l'hôte humain. d'autre avantages conférés tempérés résistance pyogenes. ces approches devraient améliorer nos connaissances des bactéries pathogènes dans but d'identifier nouvelles cibles thérapeutiques mieux décrire mécanismes associés phagothérapie. nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) a25 & prophages mots-clés transcriptomique, protéomique, virulents, prophages, hôte-pathogène " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/scaramozzino/", "title": "Plateforme M2Bio (LIPhy, Grenoble)", "content": "natale scaramozzino (courriel), cnrs, saint martin d'hères laboratoire interdisciplianire de physique umr5588 université grenoble alpes cnrs site du composition la plateforme personnes dont permanents sujet principal nous sommes des microbiologistes utilisant méthode "phage display" afin sélectionner fragments d'anticorps (scfv, vh…) ou peptides vis-à-vis cibles innovantes l'adn avec topologies particulières (collaboration eric defrancq, dcm grenoble) composés organiques volatils yanxia hou et arnaud buhot, symmes grenoble). mots-clés phage display, présentation peptides, banque anticorps, bio-détection interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) escherichia coli (tg1) m13 " }, { "url": "https://site.phages.fr/legal/", "title": "Informations légales", "content": "site est édité par directeur de la publication antoine petit, président du cnrs responsable rédaction frédéric simard (directeur laboratoire umr 5290) etrémy froissart, chargé recerche cnrs, mivegec, 911 avenue agropolis, 34394 montpellier (n°siret délégation régionale sud-est [dr13]: 180 089 013 00395) hébergé le nom domaine phages.fr été déposé auprès 1&1 ionos sarl 7, place gare, 57200 sarreguemines téléphone 0970 808 n°id 492658249 conception portail et réalisation rémy froissart pour bureau réseau & éditadapt.fr technologies logiciels mis en œuvre générateur statique hugo v0.69.2 https://gohugo.io/ thème adapté beautiful lui même jekyll https://github.com/halogenica/beautifulhugo les contenus sont rédigés au format orgmode https://orgmode.org/ propriété intellectuelle l'ensemble placé sous licence gnu general public license (gnu gpl) sauf mention contraire. contenus, textes, compris, vidéos, images qui apparaissent ou disponibles sur site, protégés droit intellectuelle. sigle », centre national recherche scientifique logo déposés titre marque. dans cadre, interdit faire référence aux dénominations sociales marques quelque fin que soit, sans autorisation préalable, expresse écrite cnrs. sens, d’utiliser d’un l’autorisation préalable des cotutelles laboratoire. liens hypertextes mise tiers vers pages documents diffusés autorisée réserve ne contreviennent pas intérêts et, qu'ils garantissent possibilité l'utilisateur d'identifier l'origine l'auteur document. " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/ansaldi_2020/", "title": "Cycle Phagique et Métabolisme Bactérien (LCB, Marseille)", "content": "équipe dirigée par mireille ansaldi (courriel), cnrs, marseille laboratoire de chimie bactérienne umr 7283 cnrs aix-marseille université site du composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal notre microbiologistes moléculaires étudie les interactions bactériophages-hôtes en utilisant différents modèles expérimentaux et des approches variées allant la génétique génomique fonctionnelles au développement techniques d'étude l'infection cellules uniques. nos principaux projets actuels: génétiques prophages-hôtes bactériens synergie phage-antibiotique (collab. s. gandon, cefe montpellier) précoce phage t5 p. boulanger, i2bc) biosenseurs phages j. casadesús, u. sevilla) biocontrôle bactéries phytopathogènes m.a. jaques, inrae angers; b. graillot, bioline agrosciences). nom l'espèce ciblée du/des bactériophage(s) salmonelle enterica typhimurium xhantomonaceae magnetobacteria spp. escherichia coli k12 td2158 mots-clés bactériophage, prophage, lysogénie, bactériophages, phagehunter, génomique, biosenseur, antibiorésistance, " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/debarbieux_2020/", "title": "Laboratoire Bactériophage, Bactérie, Hôte (Institut Pasteur, Paris)", "content": "laurent debarbieux (courriel), institut pasteur, paris site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal notre s'intéresse aux mécanismes régissant l'efficacité des bactériophages lors leur utilisation thérapeutique dans le traitement d'infections bactériennes. l'aide modèles animaux nous étudions en particulier les paramètres l'hôte qui influencent interactions entre et bactéries. ces études recouvrent champs disciplinaires la microbiologie, l'immunologie maladies infectieuses comportent aspects moléculaires évolutifs. nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) pseudomonas aeruginosa pak_p1,_p2,_p3,_p4,_p5 escherichia coli plusieurs virulents citrobacter rodentium crp3, crp10 mots-clés phagothérapie, modèle animal, infections bactériennes, résistance antibiotiques, poumon, pneumonie, intestin, spectre d'hôte, tests in vitro " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/cascales/", "title": "Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Macromoléculaires (LISM, Marseille)", "content": "équipe dirigée par eric cascales (courriel), cnrs, marseille laboratoire d'ingénierie des systèmes macromoléculaires umr 7255 cnrs aix-marseille université site du composition de l'équipe 16 personnes dont permanents sujet principal notre s'intéresse la structure, l'assemblage et le mécanisme d'action sécrétion bactériens, plus particulièrement système type vi (sst6). portion cytoplasmique sst6 est structurellement fonctionnellement comparable queue phages contractiles. pour nos études, nous utilisons une combinaison techniques microbiologie classique, biologie moléculaire, génétique bactérienne, biochimie, microscopie fluorescence structurale. interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) escherichia coli entero-agrégatif salmonella enterica typhimurium citrobacter rodentium photorhabdus luminescens flavobacterium johnsioniae mots-clés sécrétion, toxines bactériennes, contractile " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/genevaux/", "title": "Proteostasis Networks and Translational Control (LMGM, Toulouse)", "content": "équipe dirigée par pierre genevaux (courriel), cnrs, toulouse, laboratoire de microbiologie et génétique moléculaires, centre biologie intégrative, umr5100 cnrs université paul sabatier toulouse site du composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal nous sommes des microbiologistes moléculaires nos principaux intérêts recherche portent sur l’évolution les mécanismes fonctionnement systèmes toxine-antitoxine chaperons présents chez bactéries leurs virus. interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) mycobacterium tuberculosis smegmatis escherichia coli p1, t4, rb43 mots-clés growth control, protein homeostasis, toxine-antitoxine, molecular chaperones " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/lyon/", "title": "Phages In Lyon (HCL, FriPharm, CRIOAC, Lyon)", "content": "consortium d'équipes 'institut des agents infectieux' (pr f. laurent) 'fripharm' pirot) 'service maladies infectieuses' t. ferry) ciri institut infectieux hôpital de la croix rousse frédéric laurent et son équipe) activités phage discovery training caractérisation phages (identité, activité) banking bactéries développement mise en œuvre procédés production thérapeutiques contrôles qualité réalisation phagorammes milieu solides liquides coordination management fripharm plateforme pharmacie hospitalière l’hôpital edouard herriot fabrice pirot purification conditionnement stockage libération lot crioac lyon service infectieuses, tristan ferry dr gilles leboucher leurs équipes) prise charge clinique. expertise dans infections osteo articulaires complexes (centre référence labellisé dgos) avec multidisciplinaire patients évaluation rcp. constitution préparation magistrales l’administration. analyse cas contacts, cohortes place d’essais cliniques. récapitulatif nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) staphylococcus aureus xx epidermidis klebsiella pneumoniae escherichia coli mots-clés discovery, training, phagogram, gpp purification, quality control, batch release bone and joint infection, preclinical evaluation, clinical evaluation " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/brives/", "title": "Anthropo-Phages (CNRS, Bordeaux)", "content": "équipe dirigée par charlotte brives centre emile durkheim umr5116 ethnographie multi-site du développement des applications phages en santé humaine, animale et végétale site laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanent sujet principal approche interdisciplinaire alliant sts, anthropologie l’environnement, socio-anthropologie droit l’économie, histoire sciences la médecine, microbiologie, écologie médecine. l’objectif est travailler sur le innovation ainsi que les différents obstacles, scientifiques, économiques, juridiques culturels qu’elle rencontre. " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/tavares/", "title": "Bactériophages de bactéries Gram-positives (CNRS, Gif sur Yvette)", "content": "équipe dirigée par p. tavares, cnrs institut de biologie intégrative la cellule (université paris-saclay) site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanents. sujet principal assemblage des particules virales interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) bacillus subtilis spp1 xylella fastidiosa magnetobacteria spp. escherichia coli k12 et td2158 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/garrec/", "title": "Biocontrôle de Pseudomonas aeruginosa dans l'eau (GEPEA, Nantes)", "content": "équipe dirigée par y. andres & n. garrec nathalie centre scientifique et technique du bâtiment (cstb) institut mines-télécom atlantique (imt/ labo gepea) site laboratoire composition de l'équipe sujet principal potentiel des phages pour lutter contre les contaminations pseudomonas aeruginosa au niveau points d’accès en eau interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) pa01 environnement hospitalier, thermal environnementaux (cf m. hochberg) " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/marcoux/", "title": "Instrumentation pour la phagothérapie (LETI, Grenoble)", "content": "equipe leti (courriel), cea, grenoble laboratoire d'électronique et de technologie l'information (leti) site du composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal développement d'instrumentation pour la phagothérapie. caractérisation multimodale phages thérapeutiques interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) pseudomonas putida gh-1 staphylococcus aureus p68 mots-clés phagogramme, titre infectieux, pince optique, imagerie phase, sans lentille, résonance plasmonique surface, microrésonateurs " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/gantzer/", "title": "Microbiologie Environnementale (LCPME, Nancy)", "content": "équipe dirigée par c. gantzer laboratoire de chimie physique et microbiologie pour l’environnement unité mixte recherche umr 7564 cnrs/université lorraine site du composition l'équipe sujet principal bio-interfaces viabilité/infectiosité des microorganismes bactériophages utilisés infectant escherichia coli interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) ms2 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/bikard/", "title": "Microbiome engineering (Paris)", "content": "légende équipe dirigée par david bikard, paris start-up eligo bioscience (ex-phagex) site du laboratoire groupe ans de l’institut pasteur 36 personnes sujet principal mécanisme fonctionnement système crispr appliqué (startup) exploitation pour lutter contre bactéries pathogènes interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) staphylococcus aureus phinm1 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/bille/", "title": "Pathogeny of systemic infection (U1151, Paris)", "content": "emmanuelle bille (courriel), institut necker-enfants malades, u1151, paris site du laboratoire composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal neisseria meningitidis is common resident of the human nasopharynx, but it sometimes causes devastating sepsis and meningitis. still not known how why some strains have an invasive phenotype instead being harmless commensals. filamentous phage called mdaφ over-represented in genome n. compared to commensal isolates from healthy carriers. similarly, close mda present all gonorrhoeae, obligate pathogen causing sexually transmitted diseases. contrast, non-pathogenic sp are rarely associated with phages. temperate phages increasingly recognized as key players bacterial virulence. we aim decipher contribution pathogenesis, using model. would like reveal new mechanisms meningococcal infection. this will also lay foundation for further research on pathogenesis gonorrhoeae or other infections. mots-clés bacteriophage, virulence, meningococcus, gonococcus, interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) nf4 " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/schouler/", "title": "Pathogénie de la Colibacillose Aviaire (INRAE, Val de Loire)", "content": "équipe dirigée par c. schouler, inrae unité d'infectiologie et santé publique site du laboratoire voir aussi composition de l'équipe personnes dont permanents sujet principal facteurs virulence, réponse l’hôte anti-bactériens non antibiotiques interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) avian pathogenic escherichia coli (apec) nombreux phages isolés l'environnement " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/chatain-ly/", "title": "Phages pour les applications vétérinaires et de l'aquaculture (Vétophage, Lyon)", "content": "équipe dirigée par chatain-ly start-up "vetophage" isara, ecole privée d’ingénieurs en agronomie site du laboratoire composition de l'équipe sujet principal bactériophages contre pathogènes source alimentaire et vétérinaire interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) staphylococcus aureus virulents tempérés leuconostoc spp. " campylobacter " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/boulanger/", "title": "Processus d’infection d’Escherichia coli par le bactériophage T5 (I2BC, Orsay)", "content": "équipe dirigée par pascale boulanger (courriel), i2bc, gif-sur-yvette, institut de biologie intégrative la cellule, umr9198 site du laboratoire composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal le bactériophage t5 est un virus lytique qui infecte bactérie gram négatif escherichia coli. plusieurs caractéristiques originales en font modèle privilégié pour comprendre les mécanismes fondamentaux prise contrôle l'hôte et l'assemblage des particules virales. ces deux axes recherche ouvrent perspectives développement nouveaux outils biotechnologiques. mots-clés t5, injection l'adn, capside virale, structure interactions nom l'espèce bactérienne cible du/des bactériophage(s) " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer/presentation/", "title": "Présentation du réseau scientifique francophone", "content": "les bactériophages (virus de bactéries) ont été découverts plus d’un siècle et ils constituent un modèle biologique recherche exceptionnel, tant pour aspects fondamentaux qu’il permet d’étudier que appliqués. intérêt en fondamentale l’étude des leurs interactions avec bactéries dévoiler mécanismes moléculaires impliqués dans différentes étapes d’une infection virale. ces études sont l’origine découvertes majeures biologie moléculaire (mécanismes régulation gènes, enzymes restriction, système crispr-cas). aussi fascinant écologie évolution. particulier, comprendre l’émergence le maintien la diversité cycles vie (cycles lytiques ou lysogéniques) mobilise nombreux travaux recherche. appliqué majeur présente également majeur. tout d’abord, peuvent être agents perturbant processus fermentation l’industrie agroalimentaire (industrie laitière, industrie viticole). mieux bactériophages-bactéries est une étape indispensable limiter problèmes liés contaminations. par ailleurs, possibilité d’utiliser certains lutter contre pathogènes constitue approche thérapeutique convaincante, notamment l’heure l’apparition dispersion multi-résistantes aux antibiotiques. groupement cnrs "phages.fr" depuis années 2000, nombre d’équipes qui utilisent appliquée ne cesse d’augmenter. pourtant, communautés scientifiques, industrielles médicales se rencontrent pas peu, trop souvent éclatées conférences thèmes fréquemment distincts spécifiques (écologie & évolution l’infection génétique applications thérapeutiques). approches développées pourtant très complémentaires. notre réseau, fédéré thématique “bactériophages”, clairement interdisciplinaire. force convient structurer améliorer visibilité. réseau d'abord (2016) "réseau scientifique pluridisciplinaire" (rtp) transformer (2021) "groupement recherche" (gdr) regroupant personnes travaillent sur bactériophages. scientifiques du appartiennent différents instituts france tels cnrs, ifremer, institut pasteur inrae, hôpitaux mais entreprises. d'autres pays européens au-delà (suisse, belgique, canada,…) participent activement au phages.fr. financements phages.fr proviennent principalement (inee insb) cadre soutiens rtps gdrs l'inrae. autres travers prêts bâtiments (pour colloques ateliers) capacités d'organisations. " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/bouchard/", "title": "Revêtements et fonctionnalisation des surfaces (LMCPA, Maubeuge)", "content": "équipe dirigée par franck bouchart, laboratoire des matériaux céramiques et procédés associés (université de valenciennes du hainaut-cambrésis) site composition l'équipe personnes dont permanents sujet principal fonctionnalisation céramique phosphocalcique micro- macroporeuses bactériophages utilisés imprégnation dans phosphocalciques microporeux " }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/froissart/", "title": "Toward an evolution-proof phage therapy (MIVEGEC, Montpellier)", "content": "équipe dirigée par rémy froissart (cnrs) umr 5290 mivegec, département perturbation, évolution & virulence », virostyle site du laboratoire mivegec mais aussi crees composition de l'équipe 15 personnes dont 10 permanents, doctorantes, post-docs sujet principal étude la co-évolution antagoniste entre bactéries et bactériophages dans les conditions d'applications solutions phagiques thérapeutiques (e. coli carbapenem resistant) biocontrôles (salmonella spp.) modélisation des dynamiques populations bactériennes versus t7) anthropologie connaissance sur domestication suivis bactériomes phageomes vaginaux. interactions nom l'espèce bactérienne ciblée du/des bactériophage(s) salmonella enterica tenessee virulents "à façon" kedougou typhimurium "stgal" (from jj bull) divers escherichia (k12 urinary tract infection) t7, t6, t5, t4, lambda resistant (collab' avec hcl cnr) lactobacillus spp. (isolats cliniques vaginaux probiotiques) tempérés mots-clés bactériophage, prophage, cinétiques, phage training, isolement, purification, génomique, antibiorésistance, biocontrôle, thérapie phagique " }, { "url": "https://site.phages.fr/decouvrir-applications/principes/", "title": "1. Introduction à la phagothérapie et au Biocontrôle par les bactériophages", "content": "introduction les bactériophages sont des virus qui infectent bactéries. ils nombreux et forment l’entité biologique la plus abondante sur notre planète. présents dans tous environnements colonisés par bactéries, compris au sein du corps humain, exercent une pression de sélection populations bactériennes participent donc activement leurs régulation (quantitativement) évolution (qualitativement). interaction antagoniste dynamique est illustrée course aux armements que bactéries engagent pour leur survie, premières mise en place mécanismes résistances seconds le contournement ces mécanismes. ainsi, deux coévoluent continuellement [1]. quelle soit son orientation (agronomique végétale ou animale, médecine humaine), phagothérapie se définit l’utilisation d’un plusieurs cibler posent problème. cependant, l’isolement d’intérêt (capables lyser souches données) peut s’avérer difficile malgré abondance. effet, certaines parce qu’elles n’expriment pas récepteurs habituellement ciblés bien possèdent différents capables bloquer réplication virale (par exemple systèmes restriction-modification système crispr-cas) requièrent très spécifiques, numériquement rares [2].. chaque bactériophage caractérisé l’on nomme spectre d’hôte, être qualifié d’« étroit » (virus d’infecter un unique sérotype d’une espèce bactérienne), « large » cas appartenant espèces phylogénétiquement proches généralistes, large, d’espèces telles staphylococcus aureus s. epidermidis). d’hôte rapprocher degré polymorphisme génétique l’espèce bactérienne ciblée : facile trouver généralistes (larges spectres) ciblant d’espèce présentant faible variabilité intra-espèce (s. exemple), alors tâche s’avère impossible lorsqu’il s’agit polymorphes (escherichia coli exemple). enfin, tout agent thérapeutique, l’innocuité, tolérance l’efficacité nécessitent d’être démontrées études cliniques contrôlées. [3]. études, particularités présentent bactériophages, capacité s’auto-amplifier cours application nature virale, bousculent ordre établi essentiellement molécules chimiques. chemin réintroduire humaine développer d’autres applications n’est long fleuve tranquille [4]. recherches menées sens dernières années présentée revue incontestablement encourageante. principes afin d’illustrer propos, paragraphe sera agrémenté d’exemples tirés littérature dédiée l’application car elle demeure abondante. comparativement antibiotiques autres agents antibactériens d’origine chimique, spécificité beaucoup étroite. grande majorité caractérisés spécifiques souvent nombre restreint espèce. exceptions existent, p1, capable e. k12 shigella salmonella [5], ecs1 distinctes : spp., enterica, escherichia [6] encore certains sphaerotilus natans également pseudomonas aeruginosa [7]. contre, fois gram positif négatif n’ont jamais été décrits, probablement cause l’organisation membranaire différente familles toutefois exister biais données relatives spectres d’hôtes bactériophages. disponibles concernant isolé reflètent d’autant réalité aura testé conséquent génotypes différents, représentatifs mieux ciblée (nécessité collections larges multicentriques). façon corollaire, précisé haut, variation génotypique existant donnée importante : théorique requis couvrir l’ensemble faiblement diversifiée s’il celles important. exemple, résistant méticilline (sarm) diversité génotypique, permet traiter infections causées germe [8]. provoquées coli, importante finalement peu pourront pathogènes [9]. étroit pourrait aussi limiter risques d’affecter commensales même bactérienne, exemple. structure réceptrice lors sa fixation bactérie caractère conservé/essentiel variable certainement l’un paramètres majeurs expliquant [10]. notons enfin l’étude sensibilité souche vis-à-vis panel thérapeutique (phagogramme) réalisée in vitro qu’une transposition directe résultat obtenu (sensible résistant) systématiquement extrapolable site infectieux vivo, fait mêmes limites observées avec (pharmacocinétique, diffusion concentration lieu l’infection, discordance entre test milieu liquide solide, etc.). l’approche humaine, association semble rationnelle. cocktail justifiée raisons a) augmenter global couverture mélange sommant individuels bactériens b) minimiser probabilité d’apparition résistante effet résister simultanément assaillants qu’à seul. dernier point impose néanmoins (i) redondants (la phages différents), (ii) d’infection ne soient antagonistes (récepteurs différents) (iii) mécanisme résistance bloque l’action [11]. (iv), convient s’assurer neutralisent uns lorsqu’ils assemblés cocktails [12]. si repose simples, mises œuvre patients quant envisagée manières différentes approche sur-mesure (personnalisée) prêt-à-porter (pour grand nombre) [13]. sur-mesure, d’apporter actifs l’agent étiologique doit, définition, connu isolé. largeur importe dès ceux-ci pathogène causal. personnalisé choisir meilleurs candidats collection préétablie (phagothèque), patient lui-même (exploitation phagobiote ») simplement l’environnement (isolement novo). particulièrement pertinente cadre chroniques et/ou lesquelles délai prise charge (nécessaire l’exécution tests d’activité bactériophage-bactérie) possible. prêt-à-porter, d’administrer préétabli, dont champ d’action déterminé préalable. conception idéalement basée épidémiologiques (e. retrouvée 90 urinaires communautaires exemple) phénotypiques 80 rencontrées type expriment tel phénotype spécifiquement ciblé phage). constitué obtenir large possible statistiquement représentées donné. permettant connues impliquées considérées. stratégie susceptible laisser non couverte fraction microbiologique épidémiologiquement moins représentée (pari microbiologique, titre celui antibiothérapie probabiliste). approches s’excluent l’une l’autre conceptuellement adaptables situation clinique. plus, réévaluation périodique composition nécessaire garantir activité antibactérienne optimale, s’adapter apparaitront inéluctablement d’accompagner modifications d’épidémiologie " }, { "url": "https://site.phages.fr/decouvrir-applications/appli_hu/", "title": "2. Applications des bactériophages en santé humaine", "content": "applications des bactériophages en médecine humaine actuellement, la prévalence croissante infections causées par bactéries multi-résistantes est inquiétante le souligne un rapport récent de l’organisation mondiale santé. ainsi devenu urgent développer nouvelles stratégies anti-infectieuses. si l’utilisation agents antibactériens n’est pas une solution universelle, elle réaliste tant termes économiques que temporels. lumière connaissances fondamentales obtenues au cours plus 100 années recherche, approches médicales et scientifiques rigoureuses se mettent aujourd’hui place pour lever les derniers obstacles réintroduction phagothérapie dans pays ayant oublié ou négligé approche thérapeutique. bien aient été premiers spécifiquement proposés partir 1917 félix d’hérelle [14], destin thérapeutique s’est heurté plusieurs erreurs historiques qui leur ont jeté fort discrédit manière pourtant fortuite : ainsi, début du siècle (1920-1940), étaient produits selon standards différents ceux d’aujourd’hui avec d’importants problèmes concernant qualité quantité produit fini, conduisant commercialisation préparations dont l’efficacité était variable voire nulle [15]. plus, indications retenues l’époque n’étaient toujours fondées (on pouvait exemple utiliser réputées traiter certaines l’on sait maintenant virus herpès [16]. même, n’était appropriée fait d’une méconnaissance l’écologie bactérienne impliquée (ce arrive encore également nos jour prescription d’antibiotiques cadre d’infection non systématiquement bactériennes [17]). enfin, forte spécificité avantage majeur (respect microbiote, absence d’acquisition résistance chez souches ciblées) mais constitue même temps l’un points contraignant (pour choisir actifs demeure nécessaire d’isoler l’agent étiologique, tester sa sensibilité « phagogramme » puis produire préparation thérapeutique). toutes ces étapes rendent contraignante comparaison l’administration large spectre. malgré découverte nombreux nouveaux antibiotiques, production thérapeutiques perduré jusqu’à fin 1970 france (figure 1) où inscrites dictionnaire vidal. figure 1. photographie boite d’ampoules contenant produite laboratoire dirigé f. d’hérelle. on notera l’inscription stipule « délivré gratuitement expériences traitement, ne peut faire l’objet transaction commerciale » laissant supposer ampoules commercialisées. consiste l’application dits « virulents » (i.e. réalisant qu’un cycle lytique, sans lysogénique, caractéristique « tempérés ») traitement infection bactérienne. aucun obstacle conceptuel s’oppose l’action théorique quel soit type d’infection, considérations pratiques limitent l’applicabilité. exemple, méningites, l’existence barrière hémato-encéphalique impose déjà majoration posologies d’antibiotiques, constituent prise charge n’apparaît prioritaire balance bénéfice-risque, révélée expérimentalement efficace rat nouveau-né [18]. inversement, capacité augmenter concentration site infectieux suite réplication dépend pathogène alliés particulièrement intéressants antibiotiques diffusent mal : osseuses articulaires, matériel prothétique, abcès, empyèmes, etc (wills-2005, hung -2011, capparelli-2007). caractère aigu chronique (cinétique intrinsèque) morbidité-mortalité l’infection sont paramètres déterminant (ou non) phagothérapie. plupart chroniques, bactérie responsable connue pronostic vital patients généralement engagé d’heures jours. alors possible d’adopter personnalisée « sur mesure » (voir ci-dessus). sur mesure recommandée cas aiguës menaçant vital, puisqu’on souhaite rapidement temps, identifiée. ailleurs, n’infectent cellules bactériennes, d’un recours limité pathogènes développement exclusivement intracellulaire (par coxiella burnetii, chlamydia spp, rickettsia tropheryma whipplei) et/ou croissance facultative legionnella pneumophila, bartonella brucella melitensis, helicobacter pylori). modélisation pharmacocinétique nécessite prendre compte liés viral, tels constante d’adsorption hôtes, nombre virions libérés cycle, latence, initiales ratio bactériophage/bactérie parle multiplicité d’infection). densité minimale assurer amorçage multiplication/transmission virale doit être connue : analogie maladies virales humaines introduites zone peu peuplée auront probabilité d’émergence faible elles environnement urbain, conséquence extinction précoce l’épidémie défaut relais. complexifie lorsque prend dynamique population (les infectées continuant répliquer) phénomènes aux d’amplification ceux-ci [19]. particulière abordée études expérimentales animales, typiquement raison complexité (détermination constantes in vivo, inoculum bactérien, d’élimination spontanée, etc.). s’agit cependant fondamentalement importante qui, faute d’avoir compte, pourrait expliquer certain d’échecs antérieurs [20]. permis corréler positivement significativement résultats prédits observé vitro [21] difficilement vivo [22], prouvant nécessité poursuivre domaine. mammifères (humains animaux), mise contact tissus voies cutanée, orale, respiratoire intraveineuse) provoquer réaction immunitaire, potentiellement délétère l’hôte. toutefois, singulière, semblent d’effet toxique [23]. effet, particules largement présentes divers microbiotes lesquels interactions permanentes, l’intestin [24, 25]. l’innocuité pu démontrée différentes études. plan expérimental premier lieu, réalisées (modèle murin) ex (sur dentritiques), montré bactériophage t4 administré voie intra-péritonéale (t4 entier ses protéines majeures capside) n’a induit cytokines phase aiguë. mis dendritiques provoque d’espèces réactives l’oxygène (ros) [26]. activité immunomodulatrice proposée pertinence demande vérifiée [27]. étude récente pulmonaire coliphages souris d’e. coli n’entrainait synthèse significative aiguë l’inflammation (il-1b, il-6, tnfa, kc notamment) reçu solvant antibiotique référence [28]. l’homme, mentionnerl’institut ludwik hirszfeld pologne suivi (n=157 ans) présentant germe multi-résistants notamment urinaires, respiratoires) traités pendant semaines. unsuivi biologique (numération-formule sanguine, bilan hépatique, fonction rénale protéine réactive) réalisé après comparée situation traitement. aucune variation cliniquement pertinente observée démontrant conditions [29]. similaire, volontaires (n=15) trois prises orales deux jours ciblant e. présenté d’effets indésirables, ni d’élévation marqueurs cytolyse hépatique développé d’anticorps dirigés contre lors d’analyses période d’observation [30]. notons innocuité limite phage t4, aussi d’autres applications, l’ingestion cocktail commerciaux orale [31]. rapportés littérature, obligatoirement centré question l’innocuité, n’ont évidence problème tolérance, réalisée intraveineuse [32-37]. outre innocuité, générer formation spécifiques. historiquement, φx174 (un microviridae infectant coli) utilisé 1960 injection intraveineuse, 30 ans, afin d’induire quantifier réponse immunitaire dosant présence spécifiques [38-40]. signalera ailleurs qu’aucun effet secondaire sérieux rapporté recevaient doses 2.109 (pfu) kg poids corporel, générant concentrations plasmatiques post-injection l’ordre 5.107 pfu/ml (3 injections total, espacées semaines, réalisées). immunocompétents développaient tous schéma normale d’immunoglobulines igm igg affinité. anticorps possédaient pouvoir neutralisant envers φx174. similaires observés [41]. cependant, synonyme d’inactivation puisque peuvent neutralisants, n’entravant [42]. permet poser l’état c’est répondre l’immunocompétence l’hôte étudiée modèle murin [43]. auteurs montrer immunocompétentes survivent létale grâce bactériophage, tandis immunodéprimées qu’en l’absence bactériophage. précisément, l’échec semble dû neutrophiles limitent, animaux immunocompétents, devenues résistantes 2). travaux montrent synergie entre système considération tripartites bactériophages, immunitaires contrôler mieux traitements. 2. représentation schématique multiples l’immunité innée prenant (adapté [43]). antibactérien molécule chimique phagothérapie, lysées induire aigüe relargage molécules immunogènes (endo- exotoxines, adn bactérien). gram positif, acides lipoteichoïques peptidoglycane principalement, négatif lipopolysaccharide (notamment fraction lipidique : lipide endotoxine). récemment, comparative taux d’endotoxine libéré inférieur celui obtenu -lactamines couramment utilisées clinique [44]. mieux, utilisés complémentaire, ce, diminuer l’apparition génotypes bactériens résistants l’autre [45, 46]. quatre situations schématiquement envisageables. i) sévère, liée posant connu d’antibiorésistance antibiothérapie conventionnelle envisageable : pertinente ; ii) sévère non, causée multi-résistante impossible, moins validés effets secondaires indésirables (e.g. insuffisance l’usage colistine) : co-traitement pertinent. cas, données existent temporalité optimale d’utilisation anti-infectieux (co-administration, l’inverse). certains démontrer l’importance séquentialité (phages antibiotiques) control bactérien [47]. existe croissant publications font état synergique thérapeutiques, sub-inhibitrices (situation fréquente mauvais usage). mécanisme mal élucidé, simultanée d’antibiotique majore lytique augmentation [48-51]. diminution l’antibiotique. compassionnel, chan al., anti-pseudomonas récepteur d’efflux l’efflux (et donc résistance) [32]. bactérie, mécanismes résistances mutation l’expression) récepteur-pompe, laquelle va aboutir perte d’efflux, restaurant iii) bénigne pertinent, indiqué (allergie) (problème diffusion, résistance, colonisation chronique) :le envisagé cutanées (furonculose, pied patient diabétique, folliculite, impétigo étendu exemple) [34] sphère orl (otites chroniques [52]. iv) n’y (à secondairement infection). inclure colonisations urinaires l’origine cystites chroniques), bronchiques (mucoviscidose dilatation bronches, dehors décompensations), germes (digestives entérobactéries cutanéomuqueuses s. aureus résistant méticilline), oropharyngées sous ventilation mécanique. propos ici cibler réservoir réaliser épargne d’exercer action essentiellement prophylactique. jour, individuels succès augmente monde [32, 35, 37], d’études cliniques conduites méthodologie (étude double aveugle, randomisée contrôlée placebo référence) publiées [53]. d’essais rapportant difficile l’interprétation diminuent robustesse conclusions. néanmoins, nous rappellerons brièvement faits marquants issus essais récents. concerné otites p. aeruginosa multi-résistant [52] (essai contrôlé, placebo). critère jugement principal (évaluation lésions médecin score composite évaluation symptômes autre score). bactérien. vingt-quatre inclus exclus). localement intra-auriculaire unique fois j0 j7, j21 j42. l’étude positifs critères amplitude (réduction inférieure facteur 10). seconde (nct00937274) porté diarrhées jeune enfant (6 24 mois) (souches entérotoxinogènes entéropathogènes principalement) bangladesh. cet essai randomisé contrôlé monocentrique comparé réhydratation (traitement commun) oral [54]. cocktails phages testés : 11 issu recherche nestlé commercial société microgen. tolérance phage. s’amplifier selles entérotoxinogènes. troisième l’impact volume fréquence d’hydratation nécessaire. analyses microbiote fécal réalisées. cent vingt inclus. attribuable rénaux, hépatiques hématologiques). révélés inefficaces (critère tertiaire). administré, selles, porteurs sensibles administrés. entérotoxinogène phages. négativité posteriori s’expliquer partie qu’attendue entéropathogène (60% 120 seulement) titre permettant soutenir d’autre part, seulement 50% présentaient cocktails, corrélation positive (diarrhées) genre streptococcus (analyse fécal) soulevant causal réel [55]. faisait neutralisation ph gastrique, conduire destruction administrés biodisponibilité très réduite aval l’estomac. (non randomisée, contrôlée), dénommée phagoburn (nct02116010), évalué l’effet locale 12 p. aeruginosa (infections monogermes) complications infectieuses plaies brûlés, sulfadiazine argentique antiseptique local [12]. délai réduction l’inoculum méthode semi-quantitative (écouvillonnage quotidien plaie dénombrement milieu gélosé). vingt-sept (13 14 argentique) 13 mois. révélé négatif, efficacité moindre bactériophages. indésirable analyse effectuée majeure lots aboutissant application (concentration finale active autour 10^2 attendue d’au 106 pfu/ml). isolées intermédiaire toutefois france, europe etats-unis, s’appuyant start-ups pherecydes pharma vésale belgique, armata pharmaceuticals etats-unis), apportera permettant : (1) définir (2) tenir écueils passés négliger propres pharmacodynamie, pharmacocinétiques galénique (3) stratégie « prêt-à-porter » (cocktail générique fixe) sélectionnés causale). enfin signalons qu’aux californie, centre récemment créé (juin 2018), objectif centraliser demandes compassionnels (center for innovative and therapeutics, ipath). structure, basée san diego responsabilité faculté médecine, positionne acteur clé visant promouvoir échanges partenaires industriels institutionnels, premier. " }, { "url": "https://site.phages.fr/decouvrir-applications/appli_agri/", "title": "3. Applications des bactériophages dans les domaines agricoles", "content": "les applications des bactériophages dans l’agriculture et l’agro-alimentaire bactéries pathogènes sont aussi une menace pour la sécurité alimentaire donc santé humaine. l’industrie alimentaire, élevages d’animaux l’agriculture, l’interdiction ou réglementation plus stricte de l’usage d’antibiotiques provoqué rapidement un intérêt vers d’autres solutions antimicrobiennes telles que bactériophages. mais l’application en agriculture agroalimentaire est particulièrement complexe. effet, ces différents environnements recèlent substances matrices aliments particules du sol, qui peuvent inhiber l’attachement ses hôtes. également, plein champ, radiations uv le ph extrême certains sols facteurs limitants, cependant être contournés dont l’impact peut réduit. infections bactériennes chez plantes entraînent pertes économiques massives domaine l'agriculture [56]. gestion maladies comprend majoritairement sélection cultivars résistants l'utilisation produits chimiques tels métaux lourds ainsi antibiotiques pays. plusieurs limitations approches existent, compris l'augmentation parasites aux deux dernières mesures. plus, se répandent sol l'eau ont conséquences majeures humaine l’environnement fait multi-résistantes [57, 58]. les[38, 39]. stratégies lutte biologique cherchent développer méthodes durables naturellement intégrées résoudre problèmes, illustrés par progrès réalisés contre insectes nuisibles [59]. agriculture, développement été encouragé initiatives plan ecophyto ministère français l'agriculture. dépit d’un impact majeur sur production mondiale, durable encore très limitée. contexte agricole, préparations utilisées dès 1924 représentaient agents biocontrôle pionniers [60]. essais serre terrain principaux phytopathogènes xanthomonas spp (y xylella sp.), erwinia amylovora, streptomyces scabies ralstonia solanacearum concluants (figure 3) [61]. même, essai au vignoble rapporté texas afin traiter (de manières curative prophylactique) pathogène fastidiosa, responsable maladie pierce vigne [41].[62]. manière intéressante, entreprises lancées bactériophages, certaines omnilytics (originaire usa, achetée 2015 l’entreprise chinoise phagelux) depuis 15 ans, avec agriphage l’objectif protéger cultures tomates poivrons l’attaque pestris pseudomonas syringae, fois conventionnelle [63]. 2019, même entreprise débuté commercialisation d’une préparation bactérie « feu bactérien », l’une problématiques pommiers poiriers europe actuellement. usa statut gras (« generally recognized as safe »), simplifie énormément leur auprès food and drug administration (fda). on notera également grande-bretagne aps biocontrol approche contrôle post-récolte assurant protection pommes terre ensachées vis-à-vis d’altération. connu succès commercial important royaume-uni (plus 40 % supermarchés traités bactériophages), elle train finaliser produit sp. salades emballées raisins secs. faut noter d’aps approuvées tant qu’ « auxiliaires technologiques », sans besoin d’étiquetage tests toxicité, contraire classifiés biocides utilisation champ. figure 3. préliminaires l’action traitement ciblant solanacearum. a, plant flétri 7j après l’inoculation r. b, bonne suite conjointe expériences menées sous centre recherche pvbmt l’île réunion (communication personnelle c. torres-barceló). barre d’échelle représente 10 cm. européens, bannissement utilisés promoteurs croissance, l’intérêt développe. c’est certainement pisciculture avancés, pays nordiques, lutter truite arc-en-ciel saumon, particulier flavobacterium psychrophilum [64]. custus®yrs commercialisé norvégienne récemment approuvé, qu’auxiliaire technologique contrôler yersinia ruckeri, saumon problématique aquaculture. net manifesté filière aviaire, repose cocktails salmonella clostridium perfringens commercialisés intralytix [65]. bovines causéespar s. aureus porcines e. coli ciblées l’aide somme, potentiel semble majeur, car phagothérapie s’appliquer large éventail pathosystèmes, prévenant risques émergents associés changement climatique. hautement complémentaire d'autres respectueuses l'environnement, permettant intégrée animaux. défis conditions d’application immenses regard variété situations, rendant prioritaire renforcement environnementales l’emploi grande échelle. dynamiques naturelles entre agricoles peu connus rapport milieux marins tube digestif maintenant nécessaire d’intégrer études venir microbiote eaux pallier manque connaissances mieux évaluer diverses phagothérapies envisagées. l’agro-alimentaire, complètent l’arsenal outils maîtrise aliments. ils permettent limiter pendant étapes transformation et/ou surfaces contact l’exemple représentatif listeria monocytogenes, revêt forte priorité industries alimentaires secteurs laitiers, viande poisson [66]. 2007, anti-listeria disponibles bénéficient agréments conjoints autorités sanitaires américaines (fda, administration), canadiennes (epa, environmental agency) tardivement européennes (efsa, european safety agency). (listshield™, société phageguard listex ™, micreos safety, 4) actuellement implémentés grands groupes agro-alimentaires processus conditionnement risques, où participent risque contaminations. 4. exemples commerciaux monocytogenes. auxiliaires technologiques, complément bonnes pratiques d’hygiène production. europe, n’y pas position officielle uniforme, ministères danois suisse d’ores déjà rendu avis officiel autorisant l’utilisation listexp100 additif alimentaire. principe fabrique ecoshield autorisé états-unis canada [67] (food & 2010), o157:h7 colites hémorragiques graves fink tec gmbh (hamm, germany) développe secure shield e1, actif coli. enfin, convient mentionner dynamisme travaux cours toxi-infections salmonelles, shigelles l’espèce campylobacter jejuni. néanmoins, l’interaction phages-bactéries sein traitées (qui complexité physico-chimique variable selon l’aliment considéré) paramètre prendre compte : immobilisent phages introduction, limitant action cas re-contamination. points notamment soulignés l’anses lors saisine 2014 (2013-sa-0111). agro-alimentaires, s’élargissent aujourd’hui flores indésirables responsables d’amines biogènes [68] déviations organoleptiques procédés fermentations. envisagés réduire productrices d’altération filières laitière viticole [69-72]. avancées récentes commerciale ne reflètent données scientifiques publiées. détails commercialisés, modes résultats acquis trop nombreux justifient mise place d’études supplémentaires. conclusion perspectives résumé, visée thérapeutique présente d’avantages d’inconvénients. brièvement résumés tableau 1. utilisé thérapeutique, bactériophage devra défini « labellisé » répondant cahier charges précis tel proposé auteurs [73, 74]. nous l’avons vu, (animale végétale) doit suivre règles strictes garantir toutes d’efficacité d’innocuité hôtes (humains, animaux, plantes) faible absent l’environnement. ailleurs, considérer thérapie autres luttes anti-bactériennes développement, peptides anti-microbiens, modulant l’immunité (e.g. vaccins immunostimulants), pro- pré-biotiques, extraits plantes, inhibiteurs virulences quorum-sensing, biofilm toxines), anticorps protéines lyse. n’en demeure moins l’un avantages phagothérapie, lorsqu’appliquée fréquemment ciblés l’homme (entérobactéries, pseudomonas, staphylococcus) lorsque comparé d’élaboration nouvel antibiotique exemple, sa capacité adaptable délai assez court quelques jours semaines). ainsi, tout envisageable coûts raisonnables nouveaux traitements fur mesure résistances apparaîtront. flexibilité, n’existe molécules chimiques, préservée long terme arme anti-bactérienne. positifs doivent néanmoins effacer difficultés rencontrées isoler souches bactériennes, « phago-résistantes ». s’agit alors souvent situation complexe paramètres clés conditionnent probabilité d’isolement actifs : temps pluralité diversité sources utilisés. remerciements remercions membres nos laboratoires respectifs participation activités réseau phages.fr. également les organismes financent travers d'un thématique pluridisciplinaire 2016: l'insb-cnrs, l'inee-cnrs l'inra. tenons remercier chaleureusement dr alain dublanchet son soutien inconditionnel implication déterminante l’obtention prix fondation françois sommer homme nature 2018 attribué notre 14 novembre 2018. occasion, version préliminaire manuscrit conçue. note passages revue issus thèse nicolas dufour http://www.theses.fr/2015uspcc259 " }, { "url": "https://site.phages.fr/decouvrir-applications/ref/", "title": "4. 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" }, { "url": "https://site.phages.fr/explorer-ressources/conf/", "title": "Conférences", "content": "2024 conférence grand public "les virus de bactéries, nouveaux alliés la santé humaine et agricole", le 14 novembre 19h au gazette café rue levat, 34000 montpellier. animée par l'équipe montpellieraine cnrs dirigée r. froissart des experts français du domaine membres réseau phages.fr dont deux médecins praticiens dr b. gaborieau (réanimateur, aphp université paris cité paris), c. eckert (bactériologie médicale, sorbonne-université paris) ainsi que scientifique f. clavijo (chercheur cirad-pvbmt, réunion). un méconnu pourtant allié aujourd'hui, les bactéries résistantes aux traitements représentent une menace plus en forte pour humaine, animale végétale (responsable millions morts dans monde an). d'autres sont devenus indispensables garantir notre sécurité sanitaire alimentaire. parmi ces complémentaires, l’utilisation bactériophages (mot formé éléments bactério- bactérie, -phage signifiant "qui mange") qui s'attaquent exclusivement bactéries. aujourd'hui utilisée traitement dernier recours, différentes équipes france ont pu traiter 60 patients présentaient infections prothèse ou bactériennes graves. ouverte tous vous invite présence spécialistes (médecins & chercheurs) utilisant découvrir mystères trop peu utilisés répondre toutes vos questions. programme, trois petites présentations ouvrant discussion quelles différences bactériophages, remède contre utilisations médicales actuelles où quand comment futur sans pesticides zoom sur agricoles champs serre intervenant-e-s l’occasion colloque annuel se tiendra sète (12-14 nov), majoritairement francophones regroupent proposent grand-public montpelliéraine cnrs. elle sera rémy phages.fr, hôpitaux (chercheur, aller loin comprendre établissent interactions extrêmement complexes avec leurs hôtes bactériens. ainsi, chaque espèce bactériophage n'infecte qu'un faible nombre types c'est pourquoi nous pouvons choisir fonction son efficacité telle bactérie. cela permet devenir parce qu'ils ne pas toxiques permettent préserver autres micro-organismes bénéfiques, présents nos corps plantes. l'utilisation agents contrôle bactériennes, préservons biodiversité améliorons qualité vie êtres vivants tout respectant l'environnement. l'objectif est partager l'information permettre autonomes compréhension gestion votre celle jour afin mieux participant santé, animaux, plantes loin, découvrez travers ses publications, site web (section "découvrir", français) conférences grands publics organisées villes recevant colloques annuels réseau. entrée libre date lieu montpellier heure contact renseignements, n'hésitez écrire contact@phages.fr gratuite tous. 2020 intervention phages phagothérapie service maladies infectieuses chu grenoble (cécile breyton, cnrs) café-sciences arts, grenoble, antibiotiques fin miracle océanopolis (brest), septembre frédérique roux alternative leur huitième édition, treize minutes marseille donnent rendez-vous mardi 1er décembre 17h 20h30 l’espace julien streaming intitulée "quoi soignent ?" mireille ansaldi (lcb, marseille) 2019 octobre grenoble. fête science 2019, organisé lundi 18h30 l’office tourisme concernant thérapie phagique (“les seront-elles vaincues “), dr. delattre (anesthésiste-réanimateur l’assistance publique paris). 21 mars comité spécialisé temporaire (csst) thème “phagothérapie". l’agence nationale médicament produits (ansm) réalisé “phagothérapie retour d’expérience perspectives” (dont trouverez compte-rendu ici) sein duquel plusieurs participant-e-s étaient présent-e-s. 2018 phages, tueurs inter âges dauphiné, office entretien radio campus 90.8 participation speed-dating scientifique, toi aussi cea-grenoble inp. article l’encyclopédie l’environnement ligne plénière forum biotech auvergne-rhône-alpes interdisciplinaire “phages.fr” lauréat prix sommer homme nature ». (14 2018). voir communiqué presse, description fondation françois 2017 midiminatec bactérie " }, { "url": "https://site.phages.fr/decouvrir-historique/historique/", "title": "Historique de l'étude des bactériophages", "content": "un siècle de recherche sur les bactériophages souvent dans l’histoire des sciences, la découverte virus « mangeurs bactéries » (i.e. « bactériophages ») s’est déroulée en plusieurs phases le prolongement premiers balbutiements virologie. effet, dès 1881, louis pasteur (1822-1895) montre que l’agent infectieux rage, invisible au microscope, passe librement travers filtre chamberland qui est porcelaine poreuse retenant particules taille visible microscope optique (pores diamètre < 300 nm), et transmissible. 1892, dmitri ivanovski (1864-1920) découvre mosaïque du tabac : sève d’un plant malade filtrée contient agent capable causer maladie lorsqu’il mis contact avec sain. on estime aujourd’hui bactériologiste britannique h. hankin (1865-1939) premier auteur avoir évidence l’existence bactéricide présent l’eau (figure 1). travaillant alors bacille cholérique, sein laboratoire gouvernemental inde, décrit une publication princeps 1896 destruction rapide lorsqu’une culture celui-ci mise gange jumna [1,2]. démontre cet traverser détruit par l’autoclavage. contre récupérée puits ne possède pas capacité destructrice bacilles. même si époque hankin incapable d’appréhender phénomène plus précision, antibactérien très efficace, naturellement eaux contiennent elles-mêmes bactérie sensible bien avérée. ces découvertes concomitantes sont importantes plan général : elles révèlent expérimentalement nouveaux agents s’attaquent cellules humaines cas plantes tabac ou bactéries dont inférieure celle puisqu’ils passent filtres dernières. frederick twort (1877-1950) fut second aborder directement antibactériens invisibles. confirme leur caractère ultra-filtrable inactivation chaleur également se développent lors l’échantillon exempt sa 1915 [3]. deux ans tard, 1917, chercheur franco-canadien félix d’hérelle (1873-1949), qu’il travaille l’institut pasteur, pose certains fondamentaux virologie: l’isolement spécificité « antagonistes » ainsi formation plages lyse tapis bactérien [4]. proposera l’appellation « bactériophage », grec ancien bakterion (petit bâton) phágos (mangeur), sera utiliser thérapeutique, notamment contexte lutte dysenteries bacillaires provoquées shigella, donnant naissance phagothérapie [5,6]. suite, son collaborateur georges eliava retour tbilissi, capitale géorgie, fonde centre thérapeutique porte encore nom. l’article revue suivant traitera précisément applications bactériophages, thérapeutiques. figure 1. grandes étapes cent premières années bactériophages. rôle biologie moléculaire c’est deuxième moitié 1930 physicien allemand max delbrück (1906-1981) rejoignit déjà renommé california institute of technology pour débuter travaux permettant faire lien entre physique biologie, où termes tels gène protéine étaient mal appréhendés. d’emory l. ellis (1906-2003) s’initie [7]. puis, collaboration salvador luria (1912-1991) alfred d. hershey (1908-1997) va poser bases « phage group » l’origine nombreuses études ayant objet lesquelles reposent fondations [8]. étudiant cycle lytique bactériophage t2, ils ont établi génétique l’évolution moléculaire avec démonstration mutations apparaissant hasard cours temps. permis rejeter l’hypothèse selon laquelle résistantes n’émergeaient qu’en présence [9]. 1952, menés martha chase démontré support l’information l’hérédité l’adn non protéines croyait. marquage individuel d’une infection d’e. coli phage t2 l’aide d’isotopes radioactifs d’observer seul était transféré cytoplasme cellule infectée, tandis formaient structure protégeant responsable fixation [10]. primordiaux été reconnus récompensés 1969, l’attribution prix nobel physiologie médecine, aux biologistes delbrück, hersey « mécanisme réplication virus ». distinction s’inscrit mouvement reconnaissance l’apport fait suite décerné pasteuriens andré lwoff (1902-1994), françois jacob (1920-2013) jacques monod (1910-1976) 1965, leurs lysogénie décrivant « le modèle l’opéron » répresseur [11,12]. trio énonce concepts régulation expression. λ, tempéré, découvert 1950 ester lederberg (1922-2006) quant lui [13]. 1941, ernst ruska (1906-1988), l’un inventeurs électronique, capture images travail complété ensuite s. [14]. essais séquençage frederik sanger (1918-2013) ciblèrent φx174 conduisirent décryptage génome adn double brin [15] an après celui arn ms2 [16]. contributions l'étude phages moderne utilisées quotidiennement sans l’on rappelle parfois techniques, s’agisse systèmes transcription in vitro utilisant polymérase t7 clonage recombinaison site-spécifique type cre-lox, ϕc31, permettent haut débit cicatrice [17–20]. l’heure actuelle, l’une dernières technologies (pacbio) utilise propriétés φ29 processivité importante permet longs fragments d’adn [21]. intimement liée réalisées interactions bactéries. particulier, spectaculaires anti-bactériophages, mieux connus sous noms ciseaux moléculaires crispr-cas9, mais aussi nouvelles l’immunité bactérienne, indiquent vont continuer jouer majeur développements futurs [22]. cycles d’infection résumé l’immense majorité isolés jour (> 95%), caudés, formés capside protéique icosaédrique contenant molécule linéaire connectée queue transfert viral l’hôte [23,24]. d’autres groupes morphologiques distinguent l’absence queues comprennent icosaédriques membrane lipidique, filamenteux pléomorphes, génomes simple brin, 2) [23–25]. 2. principales familles tous virus, infectieux, parasites obligatoires dépourvus machinerie traduction besoin hôte cellulaire développer produire descendance 3). revue, uniquement aspects relations phages-bactéries seront abordés, faut noter site viralzone (https://viralzone.expasy.org/) présente vue d’ensemble conservation processus biologiques communs qu’ils infectent eucaryotes procaryotes. première étape l’infection hôte, suivie l’injection matériel bactérien. productif, immédiate génome, gènes viraux. l’orchestration finement régulée conduit l’assemblage virales libérées l’action d’enzymes virales, endolysines. dits virulents capables réaliser lytique, qu’une alternative s’offre tempérés : lysogénie. cas, phagique n’est répliqué façon massive maintenu l´hôte, plupart temps forme intégrée chromosome. l’intégration quand elle lieu s’opère prophages maintiennent épisomale [26,27]. contrairement destin mort survient lorsque infectée virulent, lysogène survit divise normalement tout transmission verticale phagique. cependant, stress l’hôte, prophage parvient détourner voies signalisation peut redémarrer aboutit dissémination virions l’environnement 3) [28–30]. 3 : représentation schématique simplifiée lysogénique. adapté [36]. grâce démocratisation génomique, prévalence bactériens établie constituent source majeure diversité génétique. apportent hôtes avantages sélectifs importants facteurs d’adaptation fluctuation l’environnement, et/ou virulence [31–33]. ainsi, beaucoup responsables pathologies (choléra, botulisme, shigellose, diphtérie, coqueluche…) produisent toxines situés prophages. correspondantes peuvent devenir avirulentes, perdre partie perdu [34]. fonctions subtiles codées telles éléments croisées [35]. plus, nombreux résidents confèrent résistance tentent d’infecter lysogène. implique différents mécanismes modification récepteur dégradation entrant [32]. l’ensemble conférées contribuent populations bactériennes niches telle l’intestin humain lequel grande lysogènes [33]. inactivés empêchant s'exciser s’induire apportant permanente certaines cooptées l'hôte l’étape cruciale déterminante varie d’hôte considéré (gram+ gram-, capsule non, d’appendices extracellulaires non…). chaque reconnaît manière spécifique composants exposé(s) surface l’hôte. interaction contraint spectre d'hôte expriment récepteur. l'interaction via liaison (ou receptor binding protein, rbp), situées l’extrémité fibres caudales nature récepteurs caractéristiques l’enveloppe bactérienne [37]. possèdent externe (gram négatif) exposent lipopolysaccharide (lps) communément utilisés initial [38] externe, porines, sécrétion, sidérophores vitamines, ancrage irréversible bactériophage, appelé adsorption, déclenche [38]. structures capsules, exopolysaccharides, flagelles pili servir récepteurs. disposent dépolymérisation dégradent motifs glucidiques pariétaux. activité augmente pénétration enveloppes complexes, facilitant l’accès situent protéiques [39]. chez gram positif, acides téichoïques primaires composition variées modifient l’adsorption [40]. phagiques suit séquence ordonnée d’interactions protéines/protéines protéines/acides nucléiques. contrôlent assemblage élucidés modèles approches multiples combinant génétique, biochimie, analyses biophysiques isolées structurale. liées l’étude ailleurs chaperons impliqués (dnak/dnaj) (groes/groel) [41]. l’identification d’assemblage, localisation structurales immuno-marquage résolution atomique rmn cristallographie rayons enfin, recours techniques pointe matière cryo-microscopie électronique d’obtenir informations haute l’architecture caudés [42]. développée 1980 j. dubochet ses collaborateurs particulièrement utilisée étudier l’organisation capsides phages, valu chimie 2017 [43,44]. distingue fonction queue : myoviridae (queue contractile), siphoviridae flexible contractile) podoviridae courte) 2). groupes, assemblées séparément ensuite connectées former particule infectieuse. podoviridae, fixent assemblage. procapside vide d’abord formée pore d’entrée formé portale passage niveau sommet unique l’icosaèdre. puis terminase moteur extrêmement puissant, transporte condense l’intérieur l’énergie d’hydrolyse l’atp [45,46]. encapsidation s’accompagne réorganisation coopérative toutes sous-unités induisant l’expansion acquiert définitive [47]. termine fermeture formant connecteur d’attachement [48] pleine être décorée renforcée cimentent [49]. mature stable, résister pression interne résultant forte compaction pouvant atteindre 60 atm [50]. construction queue, myoviridae, commence complexe basal constitue l’appareil perforation bactérienne. comprend seulement quelques dizaines t5 tp901, contenir près 150 copies quinzaine différentes t4 [51–53]. polymérisation hélicoïdale autour centrale remplit tube agit vernier définir longueur. entourée gaine système contractile [54]. s’achève fin caudal terminaison assurent capside. exemples exceptionnels d’assemblages nucléoprotéiques masse dépassant centaine mda. additions successives partir initiateur principalement contrôlées changements conformationnels l’intervention stabilisent état intermédiaire l’assemblage. remarquable, stabilité assurée covalentes, hydrophobes, électrostatiques, liaisons hydrogène ponts salins [55]. progrès récents méthodes reconstruction tridimensionnelle complexes macromoléculaires maintenant décrypter d’assemblage déterminer l’échelle quasi [56,57]. combinées x, équipes viennent mettre dynamiques accompagnent hôte. modifications induites bactériophage/récepteur déclenchent libération hors injection d’être révélées : mécanisme déploiement t4, réarrangement p22, signal d’ouverture capside, domaines tuc2009 sucres lactobacilles [51–53,58]. cryo-tomographie d’étudier [57,59]. famille filamenteux, moins largement étudiés. l’exemple connu m13, bâtonnet semi-flexible 900 nm long diamètre. constitué 2700 forment symétrie circulaire quatre minoritaires localisées extrémité. assemblés simultanément sécrétion possibilité fusionner séquences codant peptides étrangers affecter repliement d’exposer technique dite display » actuellement présenter aléatoires [60]. tri basé fixer ligand exposés suivi amplification sélective, offre identifier protéine-protéine. technologie l’américain george p. smith sir gregory winter 2018 (fig. mettent exergue l’importance n’appartenant l’ordre caudovirales, lesquels d’espèces identifiées. modes toujours élucidé l’objet études. différence spécifiques canal adndb utilisent variés internaliser tectiviridae prd1, entoure phospolipidique riche protéines, protège linéaire. canalisée lipidique spécialisé [61]. pm2, de corticoviridae, impliquée l’internalisation l’adndb circulaire, probablement fusionnant [62]. microvirus x, 10 pilote h, connue s’organisent canalise l’adnsb [63]. plasmaviridae, d’adndb surenroulé contenu protéolipidique, reste hypothétique. pléomorphes dépourvues paroi cellulaires mycoplasmes. mode pourrait impliquer fusion cytoplasmique [64]. cystoviridae 6, arn-dépendante, doit internalisée l’arn car nécessaire pseudomonas syringae. l’infection, 6 fixe pilus retractile syringae, entrainant virale nucléocapside périplasme. endopeptidase digère peptidoglycane accède plasmique s’invagine l’enfermer vésicule intracellulaire, l’entrée endocytose [65]. initier particulier adnsb inoviroidae fd, f1 m13 e. macromoléculaire tolqra [64,66]. petits arnsb leviviridae and q, maturation induit nous éclairent fascinantes « nanomachines » programme codé nombre restreint, contrôle fidélité formées centaines dépasser 100 mda [67]. l’intérêt comprendre multiple, biotechnologie. projets basent données modifiés nanoparticules biocompatibles dérivées impacts écologique évolutif représentent organismes divers terre [68]. (virulents tempérés) présents partout trouvent ratio [bactériophages/bactéries] variable environnements outils d’estimations. trouve infectant présentes océans, lacs d’eau douce salée, compartiments vertébrés l’intestin, cavité buccale, peau poumons, insectes, ceux hébergeant symbiotiques [69,70]. associés bactériomes (populations associées écosystème composées espèces) soit rhizosphère, racines parties aériennes [71,72]. relèvent clairement durables. prédateur-proie, reproduction cellulaire, parasitaires, puisqu'ils produits secrétés cellulaire. tempérés complexes. phase comportent virulents. tant prophages, parasitaires coût cellule, voire mutualistes valeurs sélectives lysogénique mutuellement augmentées [73,74]. pressions sélection exercées diversification microbienne environnements. ceci participe effets interposés larges influencent l’état sanitaire multicellulaires [75]. fait, influence paramètres physico-chimiques écosystèmes, carbone jusqu’au changement climatique planète [76]. détaillons ci-dessous écologiques évolutives découlent interactions. déplacer activement, dépendent entièrement probabilité rencontre collision aléatoire. infecter reproduire déterminée rester raison densité sensibles : qu’un puisse multiplier, supérieure critique appelée « seuil réplication ». dessous densité, trop faible s’amplifier. conséquence, espèces adaptées dépassent donc seuil critique, reproduisent plus. renouvellement abondantes adaptées, concept l’expression « tuer vainqueur » [77,78]. 4. (source : [58]). 1 : au-dessous malgré élevée (environ fois océans), infectées. l’écosystème d’équilibre dynamique. 2, espèce prolifère dépasse (vert). l’équilibre modifié, l’espèce verte « gagne ». 3, (verts) multiplient espèce, (vert clair, contour pointillés) s’effondre. gagnant tué. 4, vertes retombent réplication. revient l’équilibre. popularité concept, peu démonstrations rapportées cadre l’interaction hôtes. rares montré vibrio cholerae aquatiques oscillaient anti-corrélée ciblant [79]. similaire, cyanophages structurent dynamique population communauté d'hôtes (les cyanobactéries synechococcus prochlorococcus) impact biogéochimique. pendant mois d’été propices développement [80]. distance chaine alimentaire, prédation conduire limitation ressource bactéries, alimentaire naturelle flamands roses, impacter africains [81]. l'effet microbiome mammifères rares. étude souris microbiote intestinal simplifié révélé soumises prédateurs-proies [82]. écosystèmes conclusives. pourraient échapper l’observation actuelles [83]. arme biologique particularité singulière qu'ils maintenir quiescent. prophage, fournit immunité toute surinfection réalisée similaire cela radicalement « immunisées » groupe d’immunité qu’elles hébergent. proposé « armes biologiques » apparentées niche [84,85]. limitée, prédatrice provoquer partielle permettre d’augmenter nombre. l’induction spontanée fraction déclencher épidémie parmi concurrents sensibles, deviennent usines production lytique. tuant concurrentes, apporteraient avantage génotypes « résistants » portent prophage) permettraient d’envahir mixtes sensibles. expliquer pourquoi 50 % séquencées [86,87]. généralisation nécessitera cependant d’études vivo écologiques. choix d’entrer paramètres. privilégie croissance exponentielle, favorisée infectées lente [88–90] bacillus subtilis entrent fort. décelé quorum-sensing détecte concentration peptide nommé «arbitrium» [91]. influençant balance restent naturels. brassage communautaire bénéfique bactérien, préjudiciables d'induire hébergeant. événement relativement rare (fréquence 10-4 10-5), ensemble environnementaux augmenter taux d’induction [88,92]. correspond général conditions délétères d’échapper voie destruction. seraient favorables primo-infection suffisante naïfs. comparés bombes retardement déclenchées salinité, dommages l’adn, température polluants océans [93,94]. inducteurs potentiellement [95]. exemple, antibiotiques, quinolones bêta-lactamines, coli, clostridium difficile, d’enterococcus faecalis staphylococcus aureus. d’autre part, oxydatif, provoqué l’inflammation autre inducteur [96]. l’analyse biopsies muqueuse intestinale patients atteints crohn 30 pseudo-virales témoins sains [97]. «brassage communautés» temporaire équilibres 5). 5. communautaire lié souches [58]) 2 : léger survient, déclenchant violettes vertes, lysogènes. disparu nouvel équilibre atteint. émergence facteur horizontal contribue considérablement bactériennes. défectifs, affectent d’importants phénotypes 6). caractérisés liés augmentation pouvoir pathogène: accrue toxines, amélioration colonisation oxydatif sels biliaires, biofilms [34,98]. additionnels, phagique, nom « morons » (ils quelque chose « plus » (more) hôte). signaux autonomes exprimés [99]. intéressant, bio-informatiques suggèrent existerait morons aucune n’a pu prédite. intégrés cooptés [100]. 6. vecteurs transferts horizontaux [77]). (verte bleue) cohabitent, bleu foncé), l’autre signe -). sensibles devenues tour +), hébergent désormais apportés l’enrichissement limite viral : encapsider transférer segments souche autre, transduction généralisée. antibiotiques [101]. documenté expérimentalement, tuer compétiteurs et, temps, récupérer [102–104]. médiée libre, comporter plasmides, assimilée transformation [105]. dernier aspect contribution l’émergence virulentes lié remarquable d’évolution mutent recombinent fréquences élevées [106]. échanger efficacement défectifs multiplient. constamment assemblés, constitués assortiments gènes. promu donné l’autre, élément part entière coévolution prédateur-proie amènent développé infections récepteurs, restriction/modification découpent modifiés, abortive brex cible enfin crispr-cas nucléases guidées arns détruisent entrants [107]. réponse défense, d'adopter stratégies contourner résistances, e.g., d'autres anti-restriction anti-crispr [108–110]. augmenteront fréquence, entraînera chute susceptible suite. co-évolutif parasite d’infection/résistance/contournement « course armements » semble générer représentée matrices indiquant diverses réseaux d’interaction conséquences majeures fonctionnement [71]. conclusion révolution génie 70 l’avènement actuelle l’édition génomes. recherches fondamentales menées structurale, écologie évolutive depuis innovations incluant biotechnologies santé. absolument complémentaires grands défis sujet d’étude concerneront évidemment compréhension interférer thérapeutiques, biogéochimiques présents. nul doute, biotechnologie continueront d’émerger travaux. remerciements  remercions membres nos laboratoires respectifs participation activités réseau phages.fr. également les financent d'un thématique pluridisciplinaire 2016: l'insb-cnrs, l'inee-cnrs l'inra. tenons remercier chaleureusement dr alain dublanchet soutien inconditionnel implication l’obtention fondation sommer homme attribué notre 14 novembre 2018. occasion, version préliminaire manuscrit conçue. note passages issus thèse nicolas dufour http://www.theses.fr/2015uspcc259. références abedon st, thomas-abedon c, thomas a, mazure h. bacteriophage prehistory: is or not hankin, 1896, reference? 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" }, { "url": "https://site.phages.fr/explorerequipes/andr%C3%A9s_pe%C3%B1a/", "title": "Computational Intelligence for Computational Biology (IICT, Yverdon-les-bains)", "content": "équipe dirigée par carlos andrés peña (courriel), heig-vd, yverdon-les-bains institute for information and communication technologies swiss of bioinformatics sib site du laboratoire mais aussi ici et là composition de l'équipe personnes dont permanent sujet principal l’équipe ci4cb se concentre sur le développement techniques d’intelligence artificielle leur application face des problèmes monde réel, en particulier ceux liés aux sciences la vie, au génie biomédical. notre objectif est découvrir modèles cachés dans ces données, ainsi que construire basés les données. nos principaux projets domaine phagothérapie in silico réseaux d'infection phage-bactérie utilisant leurs caractéristiques génomiques, avec d'apprentissage automatique (collab. g. resch unil & y. inselspital) exploration méthodes potentielles, 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froissart. 2019 (atelier décembre) réalisé aux hospices civiles lyon. 2017 12-13 octobre l’institut pasteur. télécharger compte-rendus journées 12 (aspects scientifiques) 13 médicaux) écologie phages xavier bellanger (xavier.bellanger@univ-lorraine.fr) visio-conférence 2020. clara torres-barceló. programme réunion 27 mars lyon mai huong chatain. 15 2018 nancy christophe ganzer hélène 20 novembre gif-sur-yvette génomique computational biology marie-agnès petit (marie-agnes.petit@inrae.fr) juin (visio) "phrogaton" (présentation base donnée phrogs). compte-rendu. données dédiée virus bactéries archeae. basée création protéines virales orthologues (les phrogs), elle vise fournir annotateurs génomes viraux annotation standardisée. 9-10 “phage genome sequencing and annotation”. “viromathon”, lirmm, montpellier 18 compte rendu viromathon septembre clermont ferrand mécanismes moléculaires l'infection cécile breyton (cecile.breyton@ibs.fr) françois lecointe (francois.lecointe@inrae.fr) sept. “utilisation microscopie électronique l’étude bactériophages” biologie structurale, grenoble. 29-30 "prédiction structure/fonction protéine via bio-informatique l’intelligence artificielle, notamment alphafold" apprentiphages.fr ombeline rossier, claire hennaff, objectifs page webinars anne chevallereau "génétique phages" 1er cefe, 1919 route mende, organisé fréderic roux sylvain gandon program (talks in english or french slides english) time title speaker 9h30-10h introduction david bikard (pasteur, paris) 10h-10h30 engineering t7/hk620 juliàn bulssico (lcb, marseille) 10h30-11h dilution amplification screening t4 marie agnes (micalis, jouy) 11h-11h30 vibriophage mutagenesis damien piel (ibmm, roscoff) 11h30-12h t5 amandine maurin (mivegec, montpellier) 12h-12h30 with crispr-cas tools yuvaraj bhoobalan 12h30-14h30 lunch 14h30-18h discussion, exchange protocols etc. " } ]}